خليفه كه وكيل و وزير مطلق بود بر تخت سلطنت جلوس فرمود و اين تاريخ يافتند كه ، بيت :
محمد همايون شه نيكبخت * كه خير الملوك است اندر سلوك
چو بر مسند پادشاهى نشست * شدش سال تاريخ خير الملوك
و چون وقت جلوس كشتيهاى پر زر انعام داد ، « كشتى زر » تاريخ شد و بعد از انتظام مهمات به قلعهء كالنجر لشكر كشيده مسخر ساخت . فتنهء سلطان عالم بن سلطان سكندر لودى كه در جونپور سر كشيده بود منطفى گردانيده به آگره معاودت فرمود و جشنى عظيم ساخت كه دوازده هزار كس در آن بزم به خلعت ممتاز شدند .
بيت :
ملك را بود بر عدو دست چير * چو لشكر دل آسوده باشند و سير
چو دارند گنج از سپاهى دريغ * دريغ آيدش دست بردن به تيغ
و در آن زمان محمد زمان ميرزا بن بديع الزمان بن سلطان حسين ميرزا كه داعيهء مخالفت داشت گرفتار شد و در قلعهء بيانه فرستاده امير به ميل كشيدن در چشم او فرمودند و مردمكش سلامت مانده عن قريب از حبس فرار نموده به سلطان بهادر گجراتى پناه برد . مىگويند كه زمانى كه محمد زمان ميرزا نزد سلطان بهادر رفت ، او چتور را در محاصره داشت و هوا به غايت گرم بود . محمد زمان ميرزا را درد دل پيدا شد و حكما علاج آن را منحصر در گلقند داشتند و محمد زمان ميرزا از سلطان بهادر پارهيى گلقند التماس نمود . او شربتدار را طلبيده پرسيد كه چهقدر گلقند همراه اردوست ؟ گفته باشد كه از بيست عرابه متجاوز است . همه را به منزل محمد زمان فرستاد و به عذرخواهى گفت كه به تقريب لشكر همينقدر گلقند حاضر بود ، معذور خواهند داشت و به آخر چنان معلوم شد كه عرق به جهت او از گلقند مىكشيدند . به اين تقريب چندين عرابه همراه او بودى و محمد سلطان ميرزا با دو فرزند خود الغ ميرزا و شاه ميرزا به قنوج رفته بنياد مخالفت نهاد و چون پادشاه غفرانپناه مكتوبات مشتمل بر طلب محمد زمان ميرزا به سلطان بهادر نوشتند و او جوابهاى ناملايم داد ، عزيمت تسخير گجرات مصمم ساختند و بهادر به تسخير قلعهء چتور لشكر بر سر راناسانكا كشيده محاربه و محاصره داشت و تاتار خان لودى