اوايل سال 1266 كار بر محصورين تنگ شد و سلطان مراد ميرزا بمشهد وارد گرديد . سالار با برادر و دو پسر خود باستانه پناه جست و از سلطان مراد ميرزا تقاضاى عفو كرد ولى شاهزاده كه بسختكشى و بيرحمى مشهور بود سالار و كسان او را در شب دوشنبه شانزدهم جمادى الاخرى 1266 كشت و به اين ترتيب فتنهء خراسان دفع گرديد و سلطان مراد ميرزا بلقب حسام السلطنه ملقب شد .
قيام بابيّه
هنگام حبس سيّد على محمد در شيراز و اقامت او در اصفهان جماعتى كه به او گرويده بودند در غالب ولايات ايران مردم را بدين جديد خواندند و بتبليغ و دعوت مشغول شدند مخصوصا در يزد و خراسان و مازندران و زنجان كار ايشان بالا گرفت و چون علماى دين و حكام نيز به سختى پاپى ايشان ميشدند كمكم بين اصحاب دو گروه كار بنزاع و فتنه و قتل كشيد و اين حركات بجاى آنكه به اين حال خاتمه بخشد برعكس بيشتر توليد زحمت ميكرد و تعصب بابيه در نشر آئين جديد و از خود گذشتگى ايشان زيادتر ميشد و چون اين طايفه امير كبير را مانع پيشرفت كار خود ميدانستند بتوطئه براى قتل او اقدام نمودند اما اين توطئه مكشوف شد و توطئهكنان به سختى عذاب ديدند .
امير كبير براى دفع بابيه كه باعث اختلال امنيت غالب ولايات شده بودند مأمورين مخصوص فرستاد و در همهجا رؤساى ايشان را بدست اين مامورين مغلوب و مقتول كرد ولى در مازندران و زنجان بمقاومت سخت آنان مواجه شد عاقبت بابيّه اين دو ولايت را هم كه به سختى از خود دفاع ميكردند در سال 1265 شكست داد و قلعههاى ايشان را گرفت .
در موقع زدوخورد با بابيّه سيّد على محمّد در قلعهء چهريق آذربايجان زندانى بود ، پس از دفع مجاهدين بابيه تصميم بقتل پيشواى ايشان گرفته شد و سيّد على محمّد را از چهريق بتبريز آوردند و پس از ترتيب مجلس مناظرهاى بين او و علماى تبريز او را در روز دوشنبهء 27 شعبان 1266 تيرباران كردند .