مواد تدريس در اين مدارس عبارت بود از فقه و حديث و تفسير و علوم ادبيه و علم حساب و طب . هريك از مدارس معمولا بيكى از مذاهب مهم اختصاص داشت .
چنان كه گفتيم در مدارس اين عهد جز علوم ادبى و دينى و مقدماتى از علم حساب كه در فقه مورد حاجت بود تدريس نمىكردند و احيانا ممكن بود در بعضى مدارس تدريس طب نيز امكان پذيرد زيرا بروايت از پيغامبر عليه الصلاة علم ابدان جزو علوم مجاز تلقى ميشد : العلم علمان علم الاديان و علم الابدان ،
در ناف دو علم بوى طيب است * آن هر دو فقيه يا طبيب است
اما ساير علوم عقلى همچنانكه خواهيم گفت در اين عهد بشدت و بيش از دورهء مقدم مورد تحريم و نفرت علماى دينى قرار گرفته بود و بنابرين مدارس جاى تحقيق و مطالعهء آنها ، مگر علم حساب و احيانا طب ، نبوده است و معمولا اين گونه علوم در حوزههاى درس خصوصى تدريس ميشد و هريك از استادان فلسفه و علوم شاگردان خود را در بيرون از مدارس و مساجد تعليم ميدادهاند و پزشكى بيشتر در بيمارستانها تدريس ميشد .
خانقاهها
غير از مدارس كه محل تعليم علوم قشرى دينى ، و جز حوزه هاى درس خصوصى فلاسفه و علما ، مراكز ديگرى در اين عهد براى تعليم وجود داشت كه قابل ذكر است و آن خانقاهها يعنى محل تعليم صوفيه است .
در اين دوره هر شهر داراى يك يا چند خانقاه بود كه موقوفات وافر و خدمه و وسايل زندگى داشت . بعضى از آنها خاص شيوخ معين و بعضى براى صوفيانى كه در سير و سلوك بودند آماده بود . علاوه بر اين رباطهايى كه با اوقاف و وسايل معيشت در راهها و آباديها ساخته ميشد ، گاه براى سكونت صوفيان مورد استفاده قرار ميگرفت .
خانقاهها چنان كه از مطالعه در احوال صوفيان به خوبى ميتوان دريافت به چند قسمت تقسيم ميشد كه قسمت بزرگ آن تالار وسيعى به شكل ايوان و امثال آن بود خاص مواقع عمومى مثل ذكر بطور جمع و يا سماع و يا گرد آمدن براى طعام و امثال اين مواقع بنام جماعت خانه ، قسمت ديگر زوايا و حجرات متعددى بود خاص پير و سالكان و