هيچگاه از هم نگسست تا زمانى كه حسين ميرزا بايقرا بر هرات مسلط شد و قدرت و حكومت يافت . در اين وقت امير عليشير به خدمت او شتافت و در دربار پادشاه مقام و موقعيت مهمى كسب كرد ، در سال 876 به امارت ديوان خاصه منصوب شد و شغل مهردارى به وى واگذار گرديد . در سال 892 سلطان حسين بايقرا ، حاكم استراباد را كه مردى ستمپيشه بود ، از كار بر كنار كرد و امير عليشير نوائى را به حكومت استراباد برگزيد . در مدت يكسالى كه نوايى به كار حكومت استراباد اشتغال داشت ، با مردم به عدل و داد رفتار كرد ، سپس از اين كار استعفا داد . در مرتبهء اول ، استعفاى او قبول نشد . ولى پس از چند ماه ، بار ديگر امير عليشير از كار حكومت كناره گرفت و عزلت اختيار كرد . وى به هدايت عبد الرحمن جامى به طريقهء دراويش نقشبنديه گرويد ، در ايجاد مدارس و محافل علمى در خراسان تلاش فراوان نمود . در زبان فارسى و تركى استاد بود به نقاشى و كارهاى هنرى و موسيقى و صنايع ظريفه علاقه و دلبستگى داشت . حسين عودى شيخ نائى و ديگر هنرمندان همواره مورد توجه و عنايت او بودند .
خدمات امير عليشير نوائى
نوائى يكى از شخصيتهاى بنام آسياى ميانه در عصر بازماندگان امير تيمور است . اين مرد بااستعداد و پركار و اين رجل برجسته دولتى ، از مقام بلند خود توانست كليهء نقاط ضعف حكومت را با دقت بنگرد و در راه جلوگيرى از رنج و عذاب مردم و بهرهكشى شديد از آنان قدمهائى بردارد . وى در عين حال كه وزيرى كاردان و بشردوست بود ، در مسائل تاريخى ، ادبيات ، معمارى ، نقاشى و موسيقى صاحبنظر بود و هنرمندان و دانشمندان را مورد تأييد و تشويق قرار مىداد . « در ديدهء نوائى ارزش ايشان به قريحه و استعداد سنجيده مىشد نه بر اينكه با چند امير و بيگ خويشاوندى دارد . » پدر نوائى حاكم شهر سبزوار پس از مرگ شاهرخ ، ناچار براى حفظ جان خود راه فرار پيش گرفت و كودك بااستعداد خود را همراه برد و موجبات تعليم و تربيت او را در مشهد و سمرقند فراهم كرد . وى پس از تاجگذارى سلطان حسين ، در دستگاه او به خدمت پرداخت و در اثر كفايت و كاردانى به لقب « امير » مفتخر شد ، و پس از چندى به مقام وزارت رسيد . وى در دوران قدرت از سنگينى بار مالياتها كاست ، دست مأمورين فاسد و رشوهگير را از كارها بر كنار كرد . او چون غازان خان و خواجه رشيد الدين فضل اللّه بر آن بود كه براى بهرهكشى از طبقات زحمتكش نظم و حسابى پديد آورد تا طبقات مفيد و مثمر جامعه زير بار استثمار شديد از هستى ساقط نشوند . ولى به علت بىحالى و بىكفايتى سلطان حسين و دسايس دائمى رجال و فئودالهاى فاسد ، نقشههاى اصلاحى او به سامان نرسيد و به جاى اين مرد مصلح مجد الدين وزير ادارهء كارها را به دست گرفت و بار ديگر بازار دزدى و استثمار و زورگوئى رواجى تمام يافت .
با اين حال از دوران زمامدارى امير عليشير ، يادگارهاى زيادى باقى ماند ، « در عهد او مدرسهها ، بيمارستانها ، گرمابهها ، و باغها به وجود آمد . او دانشمندان را از همهجا طلب مىكرد