جواب داد : چرا ؟ آيا از من بدى سر زده ؟ شاه گفت : قسم خوردهام نگذارم تو در اين سرزمين بمانى . و در نهايت غضب به رسول خدا چنين خطاب كرد : از وجود تو چه كارى ساخته است وقتى كه نه به جنگ مىروى نه دنبال شكار مىروى ؟ اما شايد از جهت حذاقتت در دوا و طبابت مفيد باشى ؟ نه ، حتى از اين جهت هم نه . و رسول خدا جواب داد : من هرگز به تو بدى نكردهام و هميشه به تو و فاميلت نيكى نمودهام و بسيارى از خدمتگزارانت را از روح شيطانى دروغ رهايى بخشيدهام و بسيارى را باعث شدم از بستر بيمارى رهايى يابند و بسيارى را از بت نجات دادم و بسيارى را كه بهمرگ رسيده بودند دوباره حيات بخشيدم . در اين ملاقات مانى از محبتهاى شاهپور و هرمزد ياد كرد و به بهرام گفت : هرطور كه مىخواهى با من رفتار كن .
بطورى كه مىبينيم ، با مرگ شاهپور و هرمزد ، جانشين او ، وضع دگرگون گرديد . بهرام اول كه پادشاهى ضعيف بود ، تحت تأثير موبدان قرار گرفت و با مانى و پيروان او بىاعتنايى كرد . مانى كه مورد بيمهرى قرار گرفته بود ، راه سفر پيشگرفت ولى ديرى نگذشت كه شاه دستور احضار او را داد و با وى به تندى سخن گفت و فرمان محاكمه و حبس او را صادر كرد . به گفتهء « يعقوبى » مجلس مباحثهء عمومى تشكيل شد . مانى با موبدان موبد ، كه هم مدعى و هم قاضى بود ، به گفتگو پرداخت و در اين محاكمهء يكطرفى ، مانى را به عنوان خروج از دين به زندان افكندند . مانى 26 روز در حبس بود ، رفتار با او سخت و وحشيانه بود ، پاى او را با زنجير بستند ، زنجير را آنقدر تنگ كردند تا جان دهد . مانى در دوران حبس گفتگوى خود را با پيروان و ياران قديم ترك نكرد و در آخرين ايام عمر ، تعليماتى به منظور تبليغ آيين خود به ياران داد . ظاهرا دو نفر از نزديكترين اصحاب ، تا دم مرگ با او ملاقات و گفتگو مىكردند . پس از مرگ ، پوست او را كندند و پر از كاه كرده از دروازهء جندىشاپور آويختند . همين دروازه در عهد اسلامى به دروازهء مانى معروف بود . مانويان به يادگار اين شهادت ، روزى را معين كرده و جشن گرفتند .
پس از مرگ مانى ، حكومتهاى بعد ، به دستور مبلغين ، مجوس بارها به كشتن مانويان و سوزاندن كتب و آثار آنها مبادرت كردند ، ولى دعات و مبلغين از اشاعهء افكار خود منصرف نشدند ؛ بطورى كه در حدود 300 مسيحى ( ميلادى ) يعنى قريب يك ربع قرن بعد از وفات مانى ، دين وى در سوريه و مصر و افريقاى شمالى تا اسپانى و ممالك گال گسترش يافت .
در سنهء 372 مسيحى ، قانون معروف قسطنطين برضد اهل بدعت ( مانويان ) را نيز دربر گرفت .
آنها بموجب مقرراتى چند ، از حق شهادت دادن در محاكم و ارث بردن محروم شدند و براى برگزيدگان آنها جزاى اعدام مقرر گرديد و حكم به تبعيد همهء مانويان داده شد . ولى اين اقدامات شديد مانع تبليغ افكار و عقايد آنها نشد . پيروان متعصب مانى ، كه پيغمبر خود را خاتم الانبياء مىدانستند ، براى آنكه اين مذهب براى ملل و نحل مختلف قابل درك باشد ، اصطلاحات خود را با اصطلاحات ديگر ملل هماهنگ مىكردند و مبلغين را در استعمال هر زبانى براى بيان عقيدهء خود آزاد مىگذاشتند .
مانى در شاهنامه
فردوسى ضمن بيان وقايع سلطنت شاپور از مانى چنين ياد مىكند :