علوم معقول و منقول از محضر استادانى كه از اعلام زمان بودند ، پرداخته بود . ازاينرو مورخان اطلاعات مختصرى را به اجمال نقل كردهاند . همچنين نمىدانيم آيا شيخ طوسى در اين مرحله از زندگى خود كتابى تأليف كرده است يا نه ؟ ولى گمان مىرود كه طوسى برخى از كتابهاى خود را در اين مرحله نوشته باشد .
[ مرحلهء دوم : با آغاز حملات مغول ]
مرحلهء دوم : با آغاز حملات مغول به كشورهاى اسلامى شروع مىشود ، آنگاه كه شهرها يكى پس از ديگرى در مقابل مغول سقوط مىكرد و مثل باد خزان كه برگها را پشت هم مىريزد شهرهاى اسلامى يكيك در زير سم اسبان مغول نابود و لگدمال مىشد .
خواجه ناچار به اسماعيليان پناه برد ، تا از شر تندباد مزبور خود را نجات دهد ؛ زيرا در مقابل مغول جز اسماعيليان و قلعههاى مستحكم آنان كسى ديگر نمىتوانست مقاومت كند .
اين مرحله از زندگى او با پيروزى مغول بر قلعههاى اسماعيليه به پايان رسيد . چنان مقدر شده بود كه حملهء مغول به فرماندهى چنگيز خان در وقتى كه طوسى در نيشابور ، شهر علم و فلسفه ، مىزيست به آن شهر صورت گيرد ، همچنين تقدير چنين بود كه طوسى از آن آتش سوزان و آنهمه نابوديها كه خراسان بدان دچار شده بود نجات يابد . ولى خراسان با هجوم مغول گرفتار انواع بدبختيها شد و سلطان محمد خوارزمشاه فرار كرد و تمام موجبات و اسباب مقاومت و دفاعى كه در اختيار داشت نابود شد . فقط قلعههاى اسماعيليان بود كه با مغول مىجنگيد ، و جلو يورش آنها را مىگرفت . اسماعيليه آنچنان مقاومت مىكردند كه مغول از دست يافتن به قلعههاى آنان عاجز ماندند . به علاوه فداييان اسماعيلى چنان شجاعت و شهامت از خود نشان مىدادند كه زبانزد مردم بود و بالاخره قلاع اسماعيلى نيز در آخرين حمله به فرماندهى هلاكو خان نوهء چنگيز ، سقوط كرد . در اثناى همين مشكلات و صدمات كه نفسها از ترس در سينهبند آمده بود ، طوسى از يگانه پناه آن روز در مقابل مظالم و خرابكاريهاى مغول استفاده كرده خود را به اسماعيليان نزديك كرد و به قهستان مسافرت كرد و دعوت حاكم قهستان ، ناصر الدّين عبد الرحيم بن ابى منصور را پذيرفت و به عنوان مهمان بر او درآمد . در اثناى توقف در آنجا كتابى براى مهماندار خود ناصر الدّين ، به نام اخلاق ناصرى به فارسى نوشت كه آن را از كتاب الطهارة تأليف ابو على بن مسكويه استخراج و تلخيص كرده است . همچنين رسالهء المعينية را در هيئت براى پسرش معين الدّين بن ناصر - الدّين نوشت و كتابهاى ديگرى كه بعدا از آنها نام مىبريم در همانجا به رشتهء تحرير در كشيد ؛ سپس پيشواى اسماعيليان علاء الدّين پسر محمد او را به قلعهء ميموندژ دعوت كرد و طوسى به ميموندژ رفت و با او بود تا آنكه علاء الدّين به دست يكى از محافظان خود كشته شد و طوسى ، پس از آن ، به صحبت پسر او ركن الدّين درآمد و همانجا با او در قلعهء الموت بماند ، تا وقتى كه ركن الدّين پس از حملهء اخير مغول به قيادت هلاكو خان و سقوط الموت ، به سال