الف ) همكارى وى با سلاطين صفوى در قالب پذيرش منصب شيخ الاسلامى .
ب ) مدح سلاطين معاصر خود و تأليف كتاب يا رساله به نام آنها .
ج ) تضاد و دوگانگى در نظر و عمل سياسى .
شايد بتوان در پاسخ اين ايرادها گفت : قصد شيخ ترويج دين و شريعت بوده است . نزديك شدن او به حكومت به همين علت و براى جلب امكانات در همين راستا قابل ارزيابى است .
نيز نبايد از نظر دور داشت كه حكومت عثمانى در آن عصر از جمله دشمنان اصلى ايران محسوب مىشد و تعريف و تمجيد شيخ از سلسله صفويه در قبال حكومت رقيب آنان يعنى دولت عثمانى ، امرى لازم و اجتناب ناپذير بود .
خدمات فنى شيخ بهايى
شيخ بهايى به مهارت در معمارى و مهندسى معروف است . معمارى مسجد امام اصفهان ، شاخصى براى تعيين اوقات شبانه روز از روى سايه آفتاب ( ساعت يا صفحه آفتابى و يا ساعت ظلى ) در اين مسجد ، تعيين سمت قبله مسجد ، تقسيم آب زايندهرود به محلات اصفهان و قراى مجاور رودخانه ، گلخن گرمابهاى در اصفهان به نام حمام شيخ بهايى يا حمام شيخ كه شمعى در زير پاتيل گلخن افروختهبود و با همان شمع آب حمام گرم مىشد ، طراحى منارجنبان اصفهان ، طراحى شهر نجف آباد ، كاريز شهر به نام قنات زرين كمر و . . . به او نسبت مىدهند .
استادان و شاگردان شيخ بهايى
از جمله اساتيد علمى وى ، پدرش شيخ حسين ، ملا عبداللَّه يزدى ، ملا على مذهب ، ملا افضل قاضى و حكيم عمادالدين محمود و ملا محمد باقر يزدى و نيز علماء مصر و شامات بود .
ملا صدراى شيرازى ، فاضل جواد ، سيد هاشم بحرانى ، ملا محسن فيض ، ملا رفيع طباطبائى و ملا خليل غازى و علامه محمد نقى مجلسى و ملا صالح مازندرانى ، شيخ زين الدين عاملى ، ملا حسن على شوشترى ، نظام الدين ساوجى ، سيد حسين كركى و . . . از شاگردان او محسوب مىشوند .
گويند شيخ در درس ، حكايات اخلاقى را بيان مىكرد .
وفات شيخ
شيخ در دوازدهم شوال 1030 ق در سن هفتاد و هفت سالگى پس از يك هفته بيمارى از دنيا رفت . تشيع بىمثالى از جنازه او در ميدان نقش جهان اصفهان به عمل آمد و بنابر وصيت خودش و فرمان شاه عباس در محل پاى امام رضا عليه السلام ، دفن گرديد .
شكراللَّه سعيه و رحمةاللَّه و بركاته الواسعة عليه و على جميع المؤمنين .