قصيده او موسوم به « وسيلة الفوز والامان فى مدح صاحب الزمان عليه السلام » در 63 بيت است كه هر گونه شبههاى را در اثنا عشرى بودن وى مردود مىسازد . دوبيتىهاى عربى شيخ نيز از لطافت زيبائى برخوردار بوده و غالب آنها در جهت تربيت و تعالى روحانى است .
از برجستهترين آثار چاپ شده بهايى مىتوان به « مشرق الشمسين و اكسير السعادتين » ، در ارائه فقه استدلالى شيعه بر مبناى قرآن ، « جامع عباسى » ، از نخستين و معروفترين رسالههاى عمليه به زبان فارسى ، « حبل المتين فى احكام احكام الدين » ، در فقه و تا پايان صلوة ، « الاثنا عشريه » در برخى ابواب فقه چون طهارت ، صلاة ، زكات ، خمس ، صوم و حج ، « زبده الاصول » ، كه تا مدتها كتاب درسى حوزههاى علمى شيعه بود و داراى بيش از چهل شرح و حاشيه و نظم است ، « الاربعون حديثاً » معروف به « اربعين بهايى » ، « مفتاح الفلاح » در اعمال و اذكار شبانه روز به همراه تفسير سوره حمد ، « حدائق الصالحين » ، كه شرحى بر صحيفه سجاديه است و البته از اين اثر تنها الحديقة الهلالية در شرح دعاى رؤيت هلال ( دعاى چهل و سوم صحيفه سجاديه ) در دست است ، « عروةالوثقى » ، در تفسير سوره حمد است ، « عين الحياة » ، در تفسير و شببه تفسير صافى ملا محسن فيض كاشانى ، « شرح تفسير بيضاوى » ، « حاشيه بر تفسير بيضاوى » ، « حل حروف القرآن » ، « حواشى تفسير كشاف » ، و نيز « خلاصةالحساب » ، « زبدة الاصول » ، « توضيح المقاصد » ، « تشريح الافلاك » ، « مخلاة » اشاره كرد .
نامدارترين اثر بهايى « الكشكول » ، معروف به « كشكول شيخ بهايى » است كه مجموعه گرانسنگى از علوم و معارف مختلف محسوب مىشود . تأليف اين كتاب در مصر آغاز و در پنج جلد تنظيم شدهاست .
زندگى سياسى شيخ بهايى
حيات شيخ بهايى با چهار تن از سلاطين سياسى از جمله : طهماسب اول ، اسماعيل دوم ، محمد خدابنده و شاه عباس اول ، همراه بود .
خاندان شيخ بهايى در قزوين ، مورد توجه و عنايت دربار شاه طهماسب قرار گرفتند و شاه در نكوداشت بهاءالدين و فراهم نمودن اسباب تعليم و معيشت وى توصيه و سفارش بسيار نمود . با ظهور شاه عباس اول در سال 966 ق و برقرارى نظم و امنيت در كشور و تغيير پايتخت از قزوين به اصفهان ، شيخ بهايى به اصفهان فراخوانده شد و به مقام شيخ الاسلامى رسيد .
ايرادها بر عملكرد سياسى شيخ
چند ايراد مهم بر عملكرد سياسى شيخ مطرح شدهاست كه عبارت است از :