بنابراين وى ملزم به اطاعت از آن نيست . در نتيجه على [ عليه السّلام ] نيروهاى خويش را گرد آورد و عازم نبردى ديگر با معاويه شد . پس از رسيدن به شهر انبار ، او به سمت نهروان تغيير مسير داد زيرا معتقد بود ابتدا لازم است اين مركز آشوب ويران گردد . در همان ماهى كه على [ عليه السّلام ] درگير جنگ با خوارج بود ، معاويه مصر را تصرف كرد ( صفر سال 38 هجرى ) .
جنگ نهروان
ابتدا على [ عليه السّلام ] كوشيد تا مجددا خوارج را به نيروهاى خود ملحق سازد ، و به اين منظور اعلام كرد كه بار ديگر با معاويه وارد جنگ خواهد شد ، اما اين تلاش وى بىثمر بود . مخالفان خواستند كه على [ عليه السّلام ] به عمل كفرآميز خويش اعتراف كند اما وى درخواست آنان را با عصبانيت رد كرد . او پس از اينكه قول داد به كسانى كه تسليم شوند امان دهد - و شمارى نيز تسليم شدند - به شورشيان حمله كرد ( 9 صفر سال 38 ق / 17 جولاى 658 م ) . آنچه روى داد يك قتل عام بود تا يك جنگ ، و ظاهرا على [ عليه السّلام ] اولين كسى بود كه از اين بابت تأسف خورد . اين عمل كه از ديدگاه امروزى محكوم است - زيرا بسيارى از مؤمنان راستين و دينداران نامدار ، در اين جنگ جان باختند - براى على [ عليه السّلام ] عواقب سنگينى در پى داشت ؛ موارد ارتداد از دين - كه از پيش آغاز شده بود - افزايش يافت ، و او ناچار شد كه جنگ با معاويه را رها كرده ، به كوفه بازگردد .
اجلاس اذرح
پس از اين وقايع ، اوضاع به كلى تغيير كرد . از آن پس طرفين متخاصم ، ديگر يك خليفه ( على [ عليه السّلام ] ) و يك والى آشوبگر ( معاويه ) نبودند ، بلكه دو رقيب براى كسب منصب عالى حكومت بودند . درحالىكه معاويه به موفقيت دست يافته