سپس عمرو بن عاص به همراه شش هزار تن روانهء مصر شد . محمد بن ابو بكر نامه‌اى به امير مؤمنان نگاشت و از درخواست كمك كرد . مردم براى يارى وى جمع آمدند اما با اين همه پس از گذشت يك ماه و با وجود مالك بن كعب تعداد آنان از دو هزار تن افزون نشد . آنان پنج شب مقابله كردند و چون خبر قتل محمد را دريافتند ، بازگشتند . چون محمد بن ابو بكر كشته شد ، جنازهء او را در پوست خرى جاى داده آن را آتش زدند و زشتى پيروزى خود را بدين گونه به نمايش گزاردند . جاسوس امير مؤمنان ( ع ) در شام ، خبر شادكامى اهل شام را از كشته شدن محمد به آگاهى آن حضرت رسانيد . على ( ع ) فرمود : اندوه ما در از دست دادن محمد به اندازهء شادمانى آنان و بلكه بيشتر از آن است . ما نزد خداوند از آنان حساب خواهيم كشيد . به خدا سوگند محمد جزو كسانى بود كه انتظار قضاى الهى را مىكشيد و براى پاداش الهى عمل مىكرد . او هيئت فاجر را دشمن و هدايت مؤمن را دوست مىداشت . اين واقعه در سال 38 ه به وقوع پيوست . على ( ع ) نامه‌اى به ابن عباس ، كه ولايت بصره را بر عهده داشت ، نوشت و او را از فتح مصر و كشتن محمد بن ابو بكر توسط معاويه مطلع ساخت . ابن عباس نيز پاسخ نامهء آن حضرت را نوشت و آنگاه به كوفه آمد و قتل محمد را به على ( ع ) تعزيت گفت . زيرا محمد پسر اسماء بنت عميس يكى از همسران على ( ع ) بود . آن حضرت ، اسماء را پس از وفات همسرش ابو بكر به ازدواج خود درآورد . اسماء پيش از ابو بكر همسر جعفر بن أبي طالب بود و خود نيز همچون فرزندش محمد از بهترين شيعيان امير مؤمنان ( ع ) به حساب مىآمد . ابن ابى الحديد در شرح نهج البلاغه « 48 » ، در توضيح اين سخن حضرت كه فرمود : به خداى سوگند معاويه زيرك‌تر از من نيست ولى او نيرنگ مىبازد و . . . به ذكر امورى مىپردازد كه ناآگاهان آن را به حساب ضعف تدبير آن حضرت مىگذارند . از جمله مثالهاى آنان در اين باره همين قضيه‌اى است كه براى حكومت مصر پيش آمد . ابن ابى الحديد در اين باره مىنويسد : از جمله خرده‌گيريهاى كه بر على ( ع ) كرده‌اند دادن ولايت مصر به محمد بن ابو بكر و بر كنار داشتن قيس بن سعد از آن منصب بود تا جايى كه محمد به قتل رسيد و معاويه حكومت مصر را به دست گرفت . پاسخ از اين ايراد آن است كه : نمىتوان گفت : محمد شايستگى حكومت بر مصر را نداشت زيرا او مردى زاهد ، دانشمند و درست تدبير بوده و در مراتب خير خواهيش نمىتوان شك و ترديد كرد . علاوه بر اين ، او پسر همسر على و دوست او بود . مردم مصر نيز بىنهايت