حالى كه بيش از سى و هشت سال عمر نكرده بود شب دوشنبه نوزدهم رجب سال 930 برابر 23 مه 1524 نزديك سراب درگذشت . جسدش را به اردبيل بردند ، و در آرامگاه شيخ صفى به خاك سپردند . وى چهار پسر و پنج دختر داشت . پسرانش تهماسب ميرزا ، سام ميرزا ، القاص ميرزا و بهرام ميرزا بودند و دخترانش خانش خانم ، پرىخان خانم ، مهين بانو ، شاهزاده سلطانم ، فرنگيز خانم و شاه زينت خانم نام داشتند .
درباره ماده تاريخ مرگ وى سرودهاند :
شاهى كه چو خورشيد جهان گشت مبين * بزدود غبار ظلم از روى زمين
تاريخ وفات آن شه شير كمين * از « خسرو دين » طلب چو شد خسرو دين
*
شاه گيتى پناه اسماعيل * آنكه چون سرو در نقاب شده
رفته خورشيد و « ظل » شده تاريخ * سايه تاريخ آفتاب شده
*
شاه عجم وارث اورنگ جم * يافت چو از ملك جهان انقطاع
گفت قضا از پى تاريخ آن * « شاه جهان كرد جهان را وداع »
*
چون ز دار فنا به دار بقا * شاه عالم پناه كرد رحيل
گشت تاريخ فوت آن حضرت * « شاه با عدل شاه اسماعيل »
شاه اسماعيل دوم : پس از اين كه شاه تهماسب روز پانزدهم صفر سال 984 قمرى برابر 14 مه 1576 ميلادى - 955 خورشيدى - درگذشت ، بر سر جانشينى او ميان درباريان و سران سپاه و بزرگان اختلاف افتاد . گروهى طرفدار سلطنت حيدر ميرزا و گروهى جانبدار پادشاهى اسماعيل ميرزا پسران تهماسب بودند . سرانجام طرفداران اسماعيل ميرزا پيروز شدند ، حيدر ميرزا را كشتند و اسماعيل ميرزا را به پادشاهى برداشتند ، و بدين سان چهار شنبه 27 جمادى الاول سال 984 بر تخت پادشاهى نشست .
اسماعيل ميرزا بيست و يك سال از عمر خود را در قلعهاى به سختى و محروميت گذرانده بود و تا روزى كه سلطنت يافت به فرمان پدرش در قراباغ محبوس بود ؛ از اين رو به جبران محروميتهاى روزگاران گذشته به عيش و نوش پرداخت و در اين كار چندان زيادهروى كرد كه سلامتش به بيمارى انجاميد و به خوردن ترياك نيز معتاد شد ؛ چنان كه هر شبانروز چهل و پنج نخود ترياك مىخورد . در زمان كوتاه سلطنت وى بر اثر فراوانى و ارزانى اجناس مردم به آسودگى مىزيستند چنان كه بهاى يك من برنج به وزن تبريز هشتاد دينار ، و قيمت گندم يك من چهل دينار تبريزى بود .
از نوادر زمان پادشاهيش ظهور ستارهء دنبالهدار در شب جمعه چهارم رمضان سال 985 قمرى 956 خورشيدى بود .
شاه اسماعيل دوم شب يك شنبه سيزدهم رمضان سال 985 قمرى هنگام افطار طبق