سرايى خريد ، و ابو على مقارن اين زمان كتاب اوسط جرجانى و مبدأ و معاد و چند كتاب ديگر و رسالاتى تأليف كرد .
پس از چندى از توقف بسيار در جرجان دلگير گشت و راهى رى شد . در آن زمان مجد الدوله و ملكهء مادرش بر آن جا حكومت مىكردند ، و چون هر دو به مقام شامخ علمى شيخ آگاه بودند از ورودش شاديها كردند . اتفاق را مقارن آن احوال مجد الدوله به بيمارى ماليخوليا گرفتار آمد . ملكه ابو على سينا را به معالجت وى خواند و حكيم او را درمان كرد مجد الدوله شيخ را به وزارت بركشيد . در جريان آن احوال عبيد اللّه عبد الواحد بن محمد جوزجانى ( متوفى به سال 438 ) كه از جملهء اجلهء شاگردان ابو على بود به وى التماس كرد بر كتابهاى ارسطو شرحى بنويسد ؛ چون اصرار ابو عبيد اللّه از حد گذشت طبيعيات شفا را تأليف فرمود . از آن پس به همدان سفر كرد و در آن جا بعضى اجزاى منطقيّه شفا را كه ناتمام مانده بود نوشت . پس از مدتى شوق سفر اصفهان و مصاحبت با علاء الدوله كاكويه در دلش پديد آمد . بعد از اين كه لوازم سفر را فراهم آورد در كسوت درويشان همراه برادر كوچكترش محمود و ابو عبيد اللّه و دو غلام رو به راه اصفهان نهاد . چون به طبرك رسيد علاء الدوله گروهى كثير از دانشمندان و بزرگان شهر را به پيشباز وى فرستاد . هنگامى كه به شهر درآمد هرچه تمامتر به اعزازش كوشيد و وزارت را به او سپرد . در چنين احوال كتاب نجات و حكمت علائيه را به رشته تحرير درآورد .
سرانجام چنان روى نمود كه در اصفهان بيمار شد . در همان روزها علاء الدين از اصفهان راهى همدان گرديد و شيخ الرئيس را نيز همراه خود برد . در راه بيماريش شدت يافت و روز جمعه اول رمضان 427 در همدان درگذشت .
اين رباعى را شيخ در جواب كسانى كه وى را به كفر متهم كرده بودند سروده است :
كفر چو منى گزاف و آسان نبود * محكمتر از ايمان من ايمان نبود
در دهر چو من يكى و آن هم كافر * پس در همه دهر يك مسلمان نبود
و نيز از اوست :
دل گرچه در اين باديه بسيار شتافت * يك موى ندانست ولى موى شكافت
اندر دل من هزار خورشيد بتافت * آخر به كمال ذرّهاى راه نيافت
از قعر گل سياه تا اوج زحل * كردم همه مشكلات گيتى را حل
بيرون جستم ز بند هر مكر و حيل * هر بند گشوده شد مگر بند اجل
ماييم به عفو تو تولّا كرده * و ز طاعت و معصيت تبترا كرده
آن جا كه عنايت تو باشد ، باشد * ناكرده چو كرده كرده چون ناكرده
ابو سعيد ابو الخير در جواب او گفته است :
اى نيك نكرده و بديها كرده * و آنگاه خلاص خود تمنا كرده
بر عفو مكن تكيه كه هرگز نبود * ناكرده چو كرده كرده چون ناكرده
*