با آنكه در مذهب طبرى چنان كه گفته شد نكتهء مبهمى وجود ندارد ، برخى از صاحبنظران به استناد شواهدى ، معتقد باطنى او را تشيّع دانستهاند .
از جمله اينكه در زمان حياتش او را به رفض متهم كردهاند و چنان كه قبلا ذكر شد به همين دليل از دفن جسد او ممانعت كردهاند .
دوم اينكه نويسندهء معجم البلدان ياقوت حموى در كتاب ارشاد الاريب خود شعرى حاكى از تشيع طبرى از قول ابو بكر خوارزمى نقل كرده و پس از آن شاعر را دروغ زن خوانده است و آن شعر اين است : 4
بآمل مولدى و بنوجرير * فاخوانى و يحكى المرء خاله
فها انا رافضى عن تراث * و غيرى رافضى عن كلالة
اين ابو بكر خوارزمى را مورخان به اتفاق ، خواهرزادهء محمد بن جرير طبرى دانستهاند و از شعرا و ادباى معروف قرن چهارم هجرى است . او در اين بيت مدعى شده كه خود و همهء خاندان طبرى رافضى بودهاند و به حكم المرء يشبه خاله او نيز مانند خال خود طبرى رافضى است . 5
صاحب معجم البلدان او را در اين ادعا دروغگو دانسته است و طبرى را از نسبت رفض تبرئه كرده است . امّا براى حلّ مشكل چنين ادعائى از جانب خوارزمى ، به بررسى بيشترى نياز است ، نويسندهء روضات الجنان مسأله را چنين حل كرده است كه : در تاريخ اسلام دو تن بنام محمد بن جرير طبرى بودهاند و هر دو مكنى به ابو جعفر يكى شيعه و ديگرى كه صاحب تفسير و تاريخ است غير شيعه و خوارزمى معروف خواهرزادهء طبرى شيعه بوده است و بدين ترتيب مشكل فاصلهء زمانى نسبتا زيادى كه بين طبرى متوفى 310 و خوارزمى متوفى 383 يا 390 وجود دارد نيز بر طرف مىشود . 6
با توجه به اينكه در تاريخ موارد متعدد ديگرى نيز بوده است كه اهل بحث همين كه در شناخت احوال رجال به بنبست رسيدهاند فورا يك تن را دو تن كردهاند شايد در وهلهء اوّل در مورد صحت فرضيهء وجود دو طبرى آن هم هر دو محمد بن جرير و هر دو مكنى به ابو جعفر دچار ترديد شويم . اما برحسب اتفاق اگر در صحت موارد ديگر جاى شكّى باشد در اين مورد بخصوص ادعاى مرحوم خوانسارى عين حقيقت است و اين مسأله در اسناد كهن نيز به خوبى مضبوط است .
نخستين كتابى كه در آن نام هر دو تن را با ذكر آثار بطور مشخص ذكر كرده است