آققويونلو او را محاصره كردند و ابو سعيد از حيث آذوقه در مضيقه افتاد و از حسن بيك درخواست صلح كرد . حسن بيگ آن را پذيرفت ولى شخصى بنام « سعيد اردبيلى » ، كه قاصد پادشاه آققويونلو و ابو سعيد بود ، او را از وضع پريشان سپاه تيمورى آگاه ساخت . در نتيجه حسن بيگ قصد جنگ نمود . ابو سعيد شكست خورده دستگير گرديد و بر اثر اصرار امرا بقتل رسيد و حكومت آققويونلو در اين منطقه قدرت يافت .
بارى شيخ حيدر بخونخواهى پدر بشيروان لشگر كشيد و با شروانشاه فرخ يسار جنگ كرد . در اين ايام اوزون حسن درگذشته و « سلطان يعقوب » جانشين او شده بود .
او از قدرت شيخ حيدر ميترسيد و با آنكه زن شيخ خواهر او بود بناى مخالفت با وى گذاشت و سپاهى بسركردگى سردار معروف خود « سليمان اوغلى » بكمك شروانشاه فرستاد . در ميدان محاربه سلطان حيدر دليريها كرد و شخصا به قلب سپاه دشمن حمله برد و حتى بقول بعضى سليمان اوغلى را از اسب به زير انداخت ولى در اثناى معركه تيرى بر حلقومش برخورد و روز پنجشنبه 20 رجب 893 هجرى بشهادت رسيد . مريدان كشتهء او را محرمانه در جائى به خاك سپردند و علامت گذاشتند تا بدست دشمن نيفتد و مورد بىاحترامى قرار نگيرد . در سال 915 كه شاه اسماعيل از شيروان باز ميگشت جنازهء پدر را با خود باردبيل آورد و در جوار قبر شيخ صفى الدين دفن نمود .
سرگذشت اسماعيل و برادرانش
پس از قتل شيخ حيدر ، سه فرزند صغير او بامر يعقوب دستگير و بفارس تبعيد شدند و در قلعهء « استخر » محبوس گشتند . اين حبس چهار سال طول كشيد و چون يعقوب درگذشت آنان از زندان رهائى يافتند و راه اردبيل پيش گرفتند . على كه فرزند بزرگتر بود صاحب سجادهء ولايت شد و به كمك مريدان در نزديكيهاى اهر با شروانشاه جنگ كرد و او را مغلوب نمود ، ولى « رستم ميرزا » آققويونلو ، كه بعد از سلطان يعقوب جانشين وى شده بود ، از ازدياد نفوذ على بيمناك گشته بناى مخالفت با وى گذاشت . رستم ميرزا از راه خدعه و حيله وارد شد و على را از راه مهر و محبت به تبريز فراخواند ، ولى سلطانعلى در تبريز از نيرنگ او خبردار گشت و باردبيل بازگشت .