فمات شهيدا ؛ قيل : انّهم دسّوا في فيه التّراب حتّى مات ، و ذلك لمّا خرجوا على السّلطان الكبير أعظم ملوك السّلجوقيّة سنجر بن ملكشاه السّلجوقيّ و فعلوا العظائم و اقتحموا الجرائم ، و كانت واقعتهم من أعظم الوقائع و أغربها ، و قتل فيها امم لا يحصيهم الّا اللّه سبحانه و تعالى الّذي خلقهم .
قال ابن السّمعانيّ : رأيت محمّد بن يحيى في المنام فسألته عن حاله فقال :
غفر لي . و قال عليّ بن أبي القاسم البيهقيّ يرثي محمّد بن يحيى و قد قتل :
يا سافكا دم عالم متبحّر * قد طار في أقصى الممالك صيته
باللّه قل لي يا ظلوم و لا تخف * من كان يحيي الدّين كيف تميته
و قال آخر يمدحه :
رفاة الدّين و الاسلام تحيى * بمحيي الدّين مولانا ابن يحيى
كأنّ اللّه ربّ العرش يلقي * عليه حين يلقي الدّرس و حيا
( آنگاه بذكر فوائدى كه از او اخذ شده پرداخته است ) .
ابن خلكان در وفيات الاعيان گفته ( ص 589 - 590 ج 1 چاپ بولاق ) :
أبو سعد محمّد بن يحيى بن أبي منصور النّيسابوريّ الملقّب محيى الدّين الفقيه الشّافعيّ استاد المتأخّرين و أوحدهم علما و زهدا ( تا آنكه گفته ) « و كانت ولادته سنة ستّ و سبعين و أربعمائة بطريثيث ، و توفّي شهيدا في شهر رمضان سنة ثمان و أربعين و خمسمائة ، قتلته الغزّ لمّا استولوا على نيسابور في وقعتهم مع السّلطان سنجر السّلجوقيّ كما تقدّم ذكره في ترجمته ، أخذته و دسّت في فيه التّراب حتّى مات ( تا آخر گفتار او ) » .
ابن الفوطى در تلخيص مجمع الاداب فى معجم الالقاب در كتاب ميم گفته ( ص 321 ) :
« محيى الدّين أبو سعيد محمّد بن يحيى بن أبى منصور النّيسابوريّ الفقيه المدرّس العلّامة ، ذكره أبو الحسن عبد الغافر بن اسماعيل في كتاب السّياق و قال :