بسبب تأليفه كتابا عن الثورة الإسلامية بإيران وكان بعنوان " الخميني . . الحل الإسلامي والبديل " ، وفي نفس العام تم اعتقاله مرة أخرى ؛ بسبب نشاطاته السياسية الإسلامية . بعد الاعتقال الأخير عاد إلى فلسطين سرًّا عام 1981 م ، وهناك تم اعتقاله أكثر من مرة ؛ بسبب نشاطه السياسي عامي 1983 / 1986 م ، وحينما أدركوا أن السجن لا يحدّ من نشاط الشقاقي الذي كان يحول المعتقل في كل مرة إلى مركز سياسي يدير منه شؤون الحركة من زنزانته ، قرروا طرده خارج فلسطين في عام 1988 م إلى لبنان هو وبعض رفاقه ، ومنها تنقل في العواصم العربية مواصلًا مسيرته الجهادية .
أبو إبراهيم . . القائد الإنسان
لم يكن الشقاقي مجرد قائد محنك ، بل تعدى حدود القيادة ليكون أخًا وزميلًا لكل أبناء المقاومة الفلسطينية فقد عُرف عنه نزاهة النفس ، وصدق القيادة . . أحب فلسطين كما لم يحبها أحد ، بل ما لم يعرف عن الشقاقي أنه كان عاشقًا للأدب والفلسفة ، بل نَظَمَ الشعر أيضًا ، ومن قصائده قصيدة " الاستشهاد . . حكاية من باب العامود " المنشورة بالعدد الأول من مجلة المختار الإسلامي في يوليو 1979 م :
- تلفظني الفاء ،
- تلفظني اللام ،
- تلفظني السين ،
- تلفظني الطاء ،