استاد خود مرحوم آيةالحقّ آخوند ملا حسينقلى همدانى - رضوان اللَّه عليهم اجمعين - را داشتهاند كه همان معرفت نفس بوده است و آن بعد از عبور از عالم مثال و صورت و بعد از عبور از عالم نفس خواهد بود كه « عِنْدَ الفِنَاء عن النَّفس بمراتبها يَحْصُل البَقاءُ بالرّبّ » و تجلّى سلطان معرفت وقتى خواهد بود كه از آثار نفسانى در سالك چيزى باقى نباشد . و از شرايط مهمّ حصول اين معنا مراقبه است كه در هر مرحله از مراحل و در هر منزله از منازل بايد حفظ آداب و شرايط آن مرحله و منزل را نمود والّا به جاى آوردن عبادت و اعمال لازم ، بدون مراقبه ، حكم دوا خوردن مريض با عدم پرهيز و استعمال غذاهاى مضرّ است كه مفيد نخواهد بود ( ص 53 ) .
اخلاقيات علّامه طباطبائى ناشى از تراوش باطن ، بصيرت ضمير ، نشستن حقيقت سير و سلوك در كمون دل و ذهن ، متمايز شدن عالم حقيقت و واقعيت از عالم مجاز و اعتبار و وصول به حقايق عوالم ملكوتى بود و در واقع تنازل مقام معنوى ايشان در عالم صورت و عالم طبع و بدن بود و معاشرت و رفت و آمد و ساير امور خود را بر آن اصل تنظيم نموداند ، ولى مسلك اخلاقى برخى ديگر ناشى از تصحيح ظاهر و مراعات امور شرعى و مراقبات بدنى بود ، كه بدين وسيله دريچهاى از باطن روشن و راى به سوى قرب حضرت احديّت پيدا شود .
علّامهء استاد داراى روحى لطيف ، ذوقى عالى و لطافتى خاصّ بود و در اشعار عرب به شعرهاى ابْنِ فَارضْ به خصوص به نظم السّلوك ، معروف به « تائيّه كُبرى » ، علاقهمند بودند و از اشعار عرفانى فارسى و عربى ، گهگاهى براى دوستان غزلى آرام آرام مىخواندند . دربارهء اينكه سالك بايد يكسره همّ و غمّ خود را به خدا مصروف دارد و هَمَّش خدايش و توشهء راهش همان ذُلّ عبوديَّت و راهنماى او محبّت او باشد ؛ كِراراً اين اشعار را ، كه در الميزان ( ج 1 ، ص 374 - 375 ، ذيل آيهء 153 - 157 سورهء بقره ) نيز آورده ، مىخواند - و مىفرمود :
« شاعر در نشان دادن راه فنا و نيستى غوغا كرده است » :
1 . رَوَتْ لي أحَاديث الْغَرَامِ صَبَابَةٌ * بِإسْنَادِهَا عَنْ جِيرَةِ الْعَلَمِ الْفَرْدِ
2 . وَحَدَّثَنِى مَرُّ النَّسيمِ عَنِ الصَّبَا * عَنِ الدَّوْحِ عَنْ وَادِى الغَضَا عَنْ رُبىَ نَجْدِ
3 . عَنِ الدَّمْعِ عَنْ عَيْنىِ القرِيح عَنِ الْجَوَى * عَنِ الحُزنِ عَنْ قَلبِى الجَرِيحِ عَنِ الوَجْدِ
4 . بِأنَّ غَرَامىِ وَالْهَوَى قَد تَحَالَفا * عَلى تَلَفى حَتّى أُوَسَّدَ فىِ لَحْدِىْ