بابر رفت و ميرزا الغ بيك بهرات آمد و بر جاى پدر بر تخت نشست و چون شنيد كه ميرزا بابر و ميرزا علاء الدوله با هم متفق شدهاند و قصد او دارند از شهر هرات تا پل ابريشم بيامد و پسرش ميرزا عبد اللطيف تا بسطام تاخت كرد درينحال ميرزا علاء الدوله و ميرزا بابر در اين انديشه بودند كه از استراباد بعراق نزد برادرشان ميرزا سلطان محمد آيند كه ميرزا الغ بيك بىسببى از پل ابريشم معاودت كرد بهرات رفت و چوندر غيبت او در هرات فترت شده بود و مردم بيرون حصار شهر بدان متهم گشته بودند كه يار على تركمان ولد ميرزا اسكندر قرا يوسف بر فتنهانگيزى مدد كردهاند محلات بيرونشهر را بر امراء قسمت كردهاند امر كرد تا غارتكردند و اين نوع ستمى در ماه رمضان سنهء اثنى و خمسين در قلب زمستان كه مردم از شدت سرما و صولت برودت هوا سر از خانه بيرون نمىتوانستند كردن واقعشد بعد از اين ميرزا الغ بيك از هرات بجانب ماوراء النهر رفت و در غيبت او ميرزا بابر از استرآباد آمد و بر تخت نشست و ميرزا عبد اللطيف ببلخ آمد و با پدر ياغيشده و در حدود سمرقند با او جنك كرد و غالب آمده پدر را گرفت و بدست عباسنامى داده تا بقصاص پدر كشت و بعد از قتل پدر برادرش ميرزا عبد العزيز را بقتل رسانيد و در تاريخ او گفتهاند :
شاه مغفور الغ بيك عليه الرحمه * آنكه خود را بسوى كعبهء مقصود رساند
راست در عاشر ماه رمضانگشت شهيد * خلق را ماتم او بر سر آتش بنشاند
اگر ايدل ز تو تاريخ وفاتش پرسند * گوى اى بيخبران دور الغ بيك نماند
اين بيت نيز در تاريخ وفات او گفتهاند :
چه عباس كشتن به تيغ جفا * بود سال تاريخ « عباس كشت »
ولادت او روز يكشنبه نوزدهم جمادى الاول سنهء ست و تسعين و سبعمائه در قلعه سلطانيه بود مدت سلطنت او در سمرقند چهل و يكسال ميرزا علاء الدين بن ميرزا بايسنغر بن ميرزا شاهرخ در زمانى كه ميرزا شاهرخ در آخر نوبت بعراق آمد او را قايممقام خود ساخته در شهر هرات بگذاشت چونخبر وفات ميرزا شاهرخ به دو رسيد برتخت سلطنت نشست و بر خزائن جد خود كه قلاع خراسان بود دست يافته لشكر بسيار بر او جمعشد در آنوقت عبد اللطيف ميرزا بعد از فوت ميرزا شاهرخ در اردوى پادشاه حاكم شده بود