ماوراء النهر طلب كرد چون شمع جهان بحدود ماوراء النهر آمد امير خدايداد حسينى بخدمتش رسيده در وقت ملاقات سر او را برداشتند و نزد ميرزا شاهرخ بخراسان فرستادند و بسزاى كفران نعمت گرفتار شد و ميرزا خليل سلطان از حبس خلاص يافته ببعضى از حصون متحصن شد و در اين اثنا ميرزا شاهرخ بماوراء النهر آمد و ميرزا خليل سلطان بعد از عهد و پيمان به خدمت ميرزا شاهرخ رسيد و احترام يافت ميرزا شاهرخ او را به طرف عراق و آذربايجان كه در زمان امير تيمور نامزد پدرش و برادرش ميرزا عمر بود فرستاد و ماوراء النهر به پسر خود ميرزا الغ بيك داده اين صورت در شهور سنهء اثنى و ثمانمائه بود و چون ميرزا خليل سلطان بعراق آمد بعد از مدتى در شب چهارشنبه شانزدهم رجب سنهء اربع عشر و ثمانمائه در رى وفات يافت ولادتش در شب پنجشنبه رابع و عشرين ربيع الاول سنهء ست و ثمانين و سبعمائه بوده در شهر هرات ميرزا الغ بيك بن ميرزا شاهرخ پادشاه فاضل عاليمقدار بود و در اقسام رياضى مهارتى تمام داشت در سنهء ثلاث و عشرين و ثمانمائه باتفاق مولانا صلاح الدين موسى قاضىزادهء رومى و مولانا علاء الدين على قوشجى كه شارح تجريد است و به زبان عنايت او را فرزند خطاب ميفرمود و مولانا غياث الدين جمشيد و مولانا معين الدين كه ايشانرا از سمرقند بكاشان آورده بود در شمال سمرقند مايل بمشرق رصديست و زيج جديد خانى كه در اين ايام مدار استخراج تقويم برآنست از مصنفات اوست يكى از فضلا در باب الغ بيك گفته :
چون الغ بيك بعلم هندسه * يافت نبود در هزاران مدرسه
ميرزا شاهرخ در سنهء ثمانمائه سلطنت ماوراء النهر و تركستان به دو ارزانى داشته بود تا انقراض ايام حيات پدرش حاكم آن ديار بود و چوندر محرم سنهء احدى و خمسين و ثمانمائه خبر فوت پدرش به دو رسيد بعزم تسخير خراسان ببلخ آمد در آنجا شنيد كه برادرزادهاش ميرزا علاء الدين بايسنغر در هرات بتخت نشسته است و پسرش ميرزا عبد اللطيف را گرفته محبوس ساخته بنابراين با اميرزاده علاء الدوله از راه صلح درآمد و ايلچيرا بهرات فرستاد و ميرزا عبد اللطيف و ميرزا عبد العزيز بخراسان آمده در چهارده فرسخى هرات در حدود مرغاب با اميرزاده علاء الدوله جنگ كرد و او را بشكست ميرزا علاء الدوله گريخته باستراباد نزد برادرش ميرزا