بعد از برادر باستقلال تمام پادشاه شد تمامت لشكر خراسان و مملكت بگرفت و دولت سلجوقيان در اينديار بانجام رسيد و او را دو پسر بود ناصر الدين ملك شاه و قطب الدين محمد ايشانرا والى خراسان گردانيد و در سنه تسعين و خمسمأه قاصد عراق شد و پيش از آن قلع ابناج پسر جهان پهلوان اتابك محمد بن ايلدگز بسبب آنكه مادرش فلسته خاتون سلطان طغرل بن ارسلان شاه بن طغرل بن محمد بن ملكشاه سلجوقير از هر ميداد كنيزكى او را آگاه گردانيد سلطان گفت تو بخور ؛ بخورد و بمرد سلطان قلع ابناج را محبوس گردانيد چون خلاص يافت در اينوقت با امراء عراق اتفاق افتاد تا سمنان استقبال كرد سلطان او را با لشكرى از عراق در مقدم بازگردانيد و سلطان طغرل در سه فرسنگى رى لشكرگاهى عظيم ساخته فرود آمد چون قلع ابناج نزديك رسيد سلطان طغرل بر اسب نشست و مصاف دادند سلطان طغرل در اثناى محاربه گرزى بر زانوى اسب خود زد اسب بيفتاد و قلع ابناج به دو رسيده او را هلاك كرد و جثهء او را پيش سلطان تكش آوردند سر او را ببغداد پيش ناصر خليفه فرستاد او را روز پنج - شنبه بيست و پنجم ماه ربيع الاول سنهء تسعين و خمسمائه در بازارى بر دار كردند و يكى از ندماى طغرل را پيش وزير نظام الملك مسعود بردند گفت اينهمه آوازهء طغرل بيك اين بود كه طاقت مقدمهء لشكر پادشاه اسلام نداشت آن نديم در فور گفت :
ز بيژن فزون بود هومان به زور * هنر عيب گردد چه برگشت هور
سلطان تكش از رى متوجه همدان شد و اكثر عراق را مستخلص گردانيده در ربيع الآخر سنه ثلاث و تسعين و خمسمائه ملكشاه پسرش كه وليعهد بود نماند قطب - الدين محمد را وليعهد گردانيد و در سنه اربع و تسعين و خمسمائه او را بجنك غباء بكور خان ايغوز فرستاد و قطب الدين او را بالمراد دستگير كرد و پيش پدر فرستاد و غباء بكور خان بجان امان يافت و بعد از آن سلطان اصفهان بستد و به پسر خود تاج - الدين على شاه داد و از آنجا بمحاصره قلعه الموت رفت صدر الدين محمد در آنقلعه كشته شد وزير نظام الملك مسعود بن على را و سلطان قطب الدين بقهستان فرستاده قلعه ترشيز را چهار ماه محاصره كرد بعد از آن سلطان از خوارزم عزم ملاحده كرد بنزديك شهرستان بمنزلگاه عرب رسيدند به مرض خناق در نوزدهم رمضان سنه 559 وفات يافت مدت پادشاهى او هفت سال بود