قرآن كريم اختصاص داده است ، و به بيان كلمات مشكل و متشابه و غريب پرداخته است . در مقدمهء آن چنين آورده است : « وقتى از تفسير خود ، « مفتاح الجنان فى حل رموز القرآن » ، در شهر مقدس كربلا فارغ شدم ، به خاطرم رسيد ، كه براى آن مقدمهاى بنگارم كه داراى فوائد مفيدى براى بيدارى خفتگان ، باعث هوشيارى براى غافلان باشد . لكن چون حجم آن بسيار شد ، آن را تفسير مستقلى قرار دادم ، و آن را « معدن الانوار و مشكاة الاسرار » ناميدم » .
سپس مىافزايد : « چون كتاب خدا داراى ظاهر و باطن و تفسير و تأويل است ، و باطن قرآن دعوت به امامت و ولايت دارد ، و ظاهر آن دعوت به توحيد و نبوت و رسالت ، اما علما و مفسّران در بسيارى از موارد از كنار آيات رد شده و سخنى به تفصيل نگفتهاند . من سعى خواهم كرد ، كه به اختصار پيچيدگيهاى اسرار الهى را بيان كنم . »
2 . كنز العرفان فى تفسير القرآن :
اين تفسير به عربى و در 27 مجلد بزرگ ، است .
نسخههاى آن امروزه در دست مىباشد . شيوهء مفسّر در اين تفسير چنين است ، كه پس از ذكر چندين آيه از قرآن به تفسير آنها ، مىپردازد ، و به اختلاف قرائات و معرّفى قرّاء و شرح حال آنان نيز توجّه دارد . سپس در آيات تشريع به شرح احكام آيه بر مبناى مذاهب اربعه اسلامى ، پرداخته و براى حجيّت فقه جعفرى ، استدلال مىنمايد .
آنگاه مرحوم برغانى تفسير خود را در دوازده كنز ( گنج ) به نام دوازده امام ( عليهم السلام ) سامان داده است ، و مقدمه و خاتمهاى نيز بر آن افزوده است .
كنز اول : در اين مورد كه قرآن داراى بطون است ، و آيات آن داراى تأويل ، و هرگز براى يك عصر و يك نسل ، نازل نگشته است ، بلكه براى همهء مردم قرون و اعصار است ، و در هر زمانى تأويلى دارد .
كنز دوم : به ذكر رواياتى پرداخته است ، كه دلالت دارند ، بر اينكه قرآن داراى بطون است ، و اينكه تأويل قرآن را جز ائمّه ( ع ) و راسخون در علم ، نمىدانند .
كنز سوم : پارهاى از روايات را آورده است ، كه بيانكنندهء حقيقت و لباب تأويل است . در اين كنز اشارهاى به اهل ايمان و كفر دارد ، و به بحث حبّ و بغض نسبت به امير المؤمنين على ( ع ) ، پرداخته است ، و به سخنان مشهور پيامبر خدا ( ص ) ، در مورد على ( ع ) استناد كرده است .
كنز چهارم : در اين مورد است ، كه معتقد به قرآن بايد به ظاهر و باطن قرآن ايمان داشته باشد . در اين كنز به مذاهب ديگر ، نيز اشاره دارد ، و به بيان و ردّ نظرات آنان ، پرداخته است .
كنز پنجم : در بيان پارهاى از مسائلى است ، كه بيانگر آن است ، كه علم قرآن كريم نزد اهل البيت ( ع ) ، است و هرگونه تفسير به رأى و اجتهاد دربارهء قرآن ، جايز نيست .
كنز ششم : در بيان پارهاى از آيات قرآن كريم است ، كه صريحا به توحيد و نبوّت دعوت مىنمايد ، و مسايل مربوط به امامت و ولايت را به صورت ضمنى يادآور شده است .
كنز هفتم : در اين كنز به بيان چگونگى بطون قرآن كريم پرداخته است ، و يادآور مىشود ، كه كلام الهى بر سه گونه است :
1 . آياتى كه هر عربزبانى ، اعمّ از عالم و جاهل معنى و تفسير آن را درك مىكند .
2 . آياتى كه معنا و مفهوم آنها را فقط كسانى كه داراى صفاى باطن و لطافت روح مىباشند ، درك مىكنند . ( آنان كه « شرح اللّه صدره للإسلام » هستند ) .
3 . آياتى هستند ، كه تفسير آنها را تنها خدا و امينان وحى و راسخون در علم مىدانند .