3 . تفسير آية الكرسى :
اين كتاب نيز به صورت كتابچهاى در جامع كبير صنعاء موجود است و از جمله تفاسير امام هادى إلى الحق مىباشد كه محمّد يحيى سالم عزان در پاورقى كتاب ( الفلك الدوّار ) به نقل از ( معجم المفسّرين 2 / 728 ) نقل نموده است .
4 . الرّد على من زعم أنّ القرآن ذهب بعضه :
اين رسالهاى است در سه ورق بزرگ رحلى كه در ضمن مجموعه مخطوطات سال 648 ه . ق در كتابخانه جامع صنعاء نگهدارى مىشود .
ب ) حديث و روايت
1 . جامع الأحكام في الحلال و الحرام .
2 . درر الأحاديث النبوة بالأسانيد اليحيويّة .
ت ) فقه
1 . كتاب المنتخب من الفقه :
نسخهاى از اين كتاب در واتيكان به شماره 107 ، و در ايتاليا به شماره 337 نگهدارى مىشود .
2 . كتاب الفنون :
اين كتاب در مورد اختلاف آراء فقهى است كه نسخهاى از آن در جامع صنعاء به شماره 38 ، و در ايتاليا به شماره 2393 نگهدارى مىشود .
3 . مسائل في العلم :
نسخهاى از اين كتاب در نمايشگاه كتب خطى انگلستان به شماره 3798 موجود مىباشد .
4 . أمّهات الأولاد :
نسخهاى از اين كتاب نيز در جامع صنعاء به شماره 58 نگهدارى مىشود .
5 . كتاب المناهي و النهي ؛
6 . الرضاع ؛
7 . منسك مستخرج من كتاب جامع الأحكام للإمام الهادي ؛
8 . مختصر من كتاب النهي عن رسول اللّه ( ص ) ؛
9 . المسائل .
تعدادى از كتب فوق به صورت مخطوطات ارزشمندى در كتابخانههاى بريتانيا و ايتاليا موجود مىباشد كه به كتاب امام هادى ( ع ) رجوع شود .
ث ) عقائد
1 . اصول الدّين 2 . تفسير معانى السّنة و الرّد 3 . كتاب العرش و الكرسي 4 . جواب مسائل أبي القاسم الرازي 5 . خطايا الأنبياء 6 . الديانة و التوحيد 7 . مسألة في ذكر السجود لآدم ( ع ) 8 . جواب مسألة رجل من أهل قم عن معرفة اللّه 9 . الرد على سليمان بن جرير 10 . باب في اثبات النبوّة 11 . تثبيت نبوّة نبيّنا 12 . استدلال على رسالة محمّد ( ص ) 13 . جواب مسألة النبوّة و الإمامة 14 . رسالة في تثبيت الإمامة 15 . جواب مسألة الإمامة 16 . تثبيت إمامة أمير المؤمنين على ( ع ) 17 . كتاب المنزلة بين المنزلتين 19 . كتاب من اعتزل الشك و الدعوى و الهوى و أخذ باليقين و الثقة 20 . مسألة في العلم و القدرة و الإرادة و المشيئة 21 . القياس 22 . الخشية 23 . البالغ المدرك 24 . مجموعه رسائل في التوحيد و مباحث الإمامة 25 . رسائل العدل و التوحيد .
ج ) تأليفات ديگر
1 . ادب الهادي إلى الحقّ يحيى بن الحسين لبنيه و شيعته 2 . عهد الإمام الهادي إلى الحقّ يحيى بن الحسين 3 . الدعوة 4 . الصلح 5 . جواب الإمام الهادي إلى الحقّ على الكتاب الذي كتبه أهل صنعاء 6 . خطبة الامام الهادي إلى الحقّ بيخوان 7 . نسخة كتاب الهادي إلى بن الحارث 8 . موعظة 9 . مجموع رسائل الإمام الهادي 10 . منتخب من كتاب سياسة النفس 11 . روايات عن الهادي يحيى بن الحسين 12 . جواب مسائل أبي القاسم الحسين بن عبد اللّه