در 1892 سيد مجددا به قسطنطنيه رفت و پنج سال از عمر بازماندهء خويش را در آن سامان سپرى نمود . سلطان عبد الحميد ، كه سيد تا يكسال پيش از مرگش نظرى بسيار مساعد به وى داشت ، از او خواست كه حملاتش عليه شاه ايران را متوقف سازد . سلطان اظهار داشت كه سفير ايران سهبار در اين باب با وى مذاكره كرده و گرچه او در دوبار نخستين خود را از دخالت در اين امر معذور داشته است ، امّا سرانجام قول داده از نفوذ خود در اين مورد استفاده كند . سيد اين اظهارات را چنين پاسخ گفت : « در اطاعت فرمان خليفهء زمان ، من شاه ايران را مىبخشم ، شاه ايران را مىبخشم . » سپس سلطان افزود : « به راستى شاه ايران از تو سخت بيمناك است . » همانسان كه رخدادهاى بعدى نشان دادند ، اين بيم چندان هم بىاساس نبود .
پس از ترور ناصر الدين شاه توسط ميرزا محمد رضا كرمانى ، در اوّل مه 1896 ، نخست - به ناحق - ميرزا رضا به بابيگرى و چند صباحى بعد به وابستگى به سيد جمال الدين و ساير مريدانش ميرزا آقا خان ، شيخ احمد كرمانى و حاجى ميرزا حسن خان خبير الملك متهم گرديد و دولت ايران از حكومت ترك تقاضاى استرداد اين چهار تن را نمود . جز سيد جمال الدين ، آن سه تن ديگر سرانجام به مقامات ايران تحويل و ، چنان كه در فصل آتى به تفصيل در باب ترور ناصر الدين شاه خواهد آمد ، مخفيانه در تبريز به قتل رسيدند . امّا سلطان عبد الحميد از تسليم سيد سر باز زد . اينزمان مسئلهء مليت وى مطرح گرديد . چراكه در صورت افغان بودن مىتوانست خواستار حمايت ، يا لااقل محاكمهاى منصفانه ، از سوى سفارت انگليس گردد . زيرا افغانستان هيچ نمايندهاى در خارج نداشته و انگلستان حافظ منافع اتباع آن كشور در ممالك بيگانه بود . با اينوجود ، چنان مىنمايد كه سيد ، خواه به سبب عدم صحت افغانيت خود ، يا از آنروى كه نمىخواست در حفظ امنيت خود مديون قدرتى باشد كه همواره نسبت به آن ابراز تنفر كرده بود ، خود را كاملا در اختيار سلطان عبد الحميد قرار داد و ، چنان كه گذشت ، سلطان از تسليم وى امتناع ورزيد .
در اواخر 1896 سيد به سرطان فك دچار شد و چند صباحى بعد سرطان به گردن وى سرايت كرده در 9 مارس 1897 او را از پاى درآورد . جسد سيد باشكوه و جلال بسيار در « گورستان شيوخ »
( Sheykhler Mezarlighi )
در نزديكى « نشان تاش »
( Nishan Tash )
دفن گرديد . بهرغم غالب تركها ، اكثر ايرانيان برآنند كه مرگ سيد طبيعى نبوده و توسط يكى از درباريان سلطان به نام « ابو الهدى » مادهاى سمى به لبهاى وى تزريق گرديد كه وضعيتى « آسيبشناختى »
( Pathological )
شبيه سرطان را به وجود آورد ؛ العلم عند اللّه .