سرانجام اصرار شاه مؤثر افتاد و سيد ، به رغم هشدار دوستش شيخ عبد القادر المغربى اين دعوت را پذيرفت و در پاسخ شيخ كه مىپرسيد « چگونه شاه تو را كه به تلاش در تقويت تسنن شهرهاى ، به اشغال چنين منصبى مىخواند » ، گفت « اين صرفا ناشى از خيال و حماقت اوست . » امّا ، باوجوداين سيد در معيت شاه به ايران رفته ، مدتى در آنجا اقامت گزيد . پس از مدتى ، با مشاهدهء تغييراتى ناخوشايند در رفتار شاه ، سيد تقاضاى رخصت بازگشت به اروپا را داشت كه با حالتى غير دوستانه رد شد . در اينزمان وى در مقبرهء شاه عبد العظيم « بست » نشسته و مدت هفت ماه در آنجا ماند . اينك خصومت وى با شاه آشكار گشته بود : او را در خطابهها و نوشتارهاى خود نكوهش كرده از خلع وى جانبدارى مىكرد و مريدانى گرد آورده بود كه دوازده تن از آنان از شمار نخبگان بودند . از اين نخبگان يكى شيخ على قزوينى ، از قضات بزرگ عدليه در زمان نخستين مجلس ملّى ايران و در زمرهء اسيران باغشاه بود كه مغضوب شده سابق [ ، محمد على شاه ، ] بودند ؛ ديگرى ميرزا آقا خان [ بردسيرى ] بود كه بعدها به معاونت سردبيرى جريدهء فارسى « اختر » در قسطنطنيه رسيد و سرانجام ، در 17 ژوئيه 1896 ، به همراه شيخ احمد كرمانى مخفيانه در تبريز به قتل رسيد ؛ همچنين ميرزا رضا كرمانى كه در اوّل مه 1896 ناصر الدين شاه را به ضرب گلوله به قتل رساند و در 12 اوت همان سال در تهران به دار آويخته شد ؛ و ميرزا محمد على خان تهرانى كه اثرى ضد مذهب به نام « رد مذاهب » تأليف نمود .
سرانجام شاه تصميم به اخراج وى از كشور گرفته و با اقدامى به غايت خشونتآميز نسبت به مكان مقدسى كه سيد در آن « بست » نشسته بود ، عدهاى پانصد نفرى سوار به دستگيرى او اعزام داشت ، در حالى كه اينزمان سيد اسير بستر بيمارى گشته بود . سيد را از « بست » خارج ، و تا مرز تركيه تحت الحفظ بردند . اين اقدام موجب خشم دوستداران سيد و نيز - چنان كه در فصلى از فصول آتى خواهد آمد - سبب عمدهء ترور ناصر الدين شاه در 1896 گرديد .
من از تاريخ اخراج سيد جمال الدين از ايران آگاه نيستم ، امّا اين واقعه بايد در حدود اواخر 1890 يا اوايل 1891 صورت پذيرفته باشد . در پائيز 1891 سيد در لندن بود و من به دعوت پرنس ملكم خان فقيد ، كه تا پيش از مجادلهء سياسى با شاه در 1881 وزيرمختار ايران بود ، در خانهاى در هلند پارك
( Holland Park )
با وى ملاقات كردم . برداشت و احساس شخصى من در مورد سيد در فصل مربوط به ماجراى « امتياز تنباكو » خواهد آمد . سيد طى اقامت در لندن در بسيارى از مجالس سخنرانى كرده و مقالاتى چند در باب « حكومت وحشت » در ايران به رشتهء تحرير درآورد و در آنها شخصيت و حتى سلامت عقل شاه را با خشونت بسيار مورد پرسش قرار داد .