حجه سال 1125 بار ديگر شيخ الاسلام شد تا آن كه در سال 1126 درگذشت و محمد حسين بن شاه محمد تبريزى به سمت شيخ الاسلام اصفهان تعيين شده در روز سيزده رجب سال 1126 مخلع شد . « 1 »
در تمام اين سالها ، شاه سلطان حسين ، سخت به مير محمد باقر خاتونآبادى ارادت داشت و افزون بر آن كه فراوان وى را ميهمانى كرده و او را در سفر مشهد همراه برد ، از او مىخواست تا در زمينههاى مختلف اثرى را ترجمه يا تأليف كند . ما شرح حال خاتونآبادى را در نوشتار ادبيات ضد مسيحى در دورهء صفوى ، به مناسبت ترجمهء اناجيل اربعه توسط خاتونآبادى آورديم . زمانى كه مدرسهء جديد سلطانى - مدرسهء چهارباغ - توسط شاه ساخته و افتتاح شد ، شاه ، محمد باقر خاتونآبادى را به عنوان مدرس آن تعيين كرد . اين بدان معنا بود كه شاه ، عالمتر و مجتهدتر از او سراغ ندارد . در اين افتتاحيه ، بيشتر علماى اصفهان و در رأس آنها ، آقا جمال خوانسارى ( م 1122 ) شركت كرده بودند . « 2 » در اين زمان ، عنوان مجتهد الزمان به خاتونآبادى تعلّق گرفته بود ؛ در حالى كه شيخ الاسلام ، شخص ديگرى بود . شاه نيز بر همين اساس ، كارهايى را به وى واگذار كرده و آنقدر وقت وى گرفته شد كه « به اعتبار كثرت اشتغال مجتهد الزمان و به اعتبار اين كه اكثر اوقات در خدمت نواب اشرف بايست حاضر شوند » درس مدرسه مرتب تعطيل مىشد . به همين دليل در سال 1123 مدرّسى مدرسه را به فرزندش واگذار كرد .
زمانى كه مير محمد صالح در سال 1124 كوشيد تا عنوان رئيسالعلمايى را داشته باشد و با استعفايش ، منصب شيخ الاسلامى را براى فرزندش بگذارد ، شاه از اقدام او ناخشنود شد و وى را عزل كرد . در مقابل شاه كوشيد تا منصب رئيسالعلمايى را براى مجتهد مورد نظر خود يعنى مير محمد باقر تثبيت كند . به همين دليل ، تصميم گرفت تا منصبى بالاتر از شيخ الاسلامى پديد آورد . منصب جديد عنوان ملاباشى به خود گرفته و از آن كسى بود كه واقعا مجتهد الزمان بوده در مراتب علمى از همهء علما بالاتر باشد . عبد الحسين خاتونآبادى در ضمن رخدادهاى سال 1124 مىنويسد : در اواخر ماه ربيع الثانى سنهء 1124 در روز يكشنبه سلخ شهر ربيع الثانى ، نواب اشرف همايون اعلى ، مقرّر فرمودند كه عالىحضرت مجتهد الزمانى امير محمد باقرا - سلمه الله تعالى - رئيس بر كل علما و اشراف و عظما باشند و در مجلس همايون هيچكس را يارى تقدم بر آن مجتهد الزمان نباشد در نشستن و ايستادن . و عرض مطالب را مشاراليه بخواند و همهكس آن علامة العلماء را مقدم داند بر همهكس . . . و در هجدهم شهر جمادى الاولى خلعت فاخره به آن مجتهد الزمان شفقت و
هامش
( 1 ) . همان ، ص 567
( 2 ) . بنگريد : همان ، ص 559 - 560 ؛ تبريزى ، فرائد الفوائد ، ص 291