دو ارتش در چندين نقطه با هم درگير شدند و نبردهاى سختى ميان آنها در گرفت كه بالاخره با پيروزى مأمون بر برادرش پايان يافت و تمامى بلاد اسلامى آن روز به طور كامل ، به اختيار او درآمد و بجاى بغداد ، به توصيهء فرماندهان و نزديكانش و به پاس شهرى كه در دشوارترين لحظات ، به ياريش شتافت ، مرو را به عنوان مركز خلافت اسلامى خود ، برگزيد .
پس از كشته شدن برادر و مستقل شدن در حكومت ، و بنابه رسمى كه متداول بود و اسلافش هم بدان عمل مىكردند ، مأمون ناگزير بايد وليعهدى براى خود انتخاب مىكرد و كسى را كه شايسته مىديد براى اين كار برگزيند و او نيز همچنانكه شرايط و زمينههاى پيرامون او نشان مىدهند بنا به دلايلى كه به منافع خودش بازمىگشت - ، امام رضا ( ع ) را به ولايتعهدى خود انتخاب كرد .
و در روايت صدوق با اسناد به گروهى آمده كه گفتهاند : وقتى كار امين ( خليفهء مخلوع ) پايان يافت و جاپاى مأمون ، محكم شد نامهاى به امام رضا نوشت و از او استدعا كرد تا به خراسان نزدش بيايد ولى امام رضا ( ع ) براى نرفتن ، بهانههاى بسيارى مىآورد ولى مأمون آنچنان به مكاتبه و درخواستش ادامه داد و پافشارى كرد كه امام دانست كه دستبردار نيست لذا درحالىكه فرزندش جواد ، تنها هفت سال داشت ، از مدينه ، خارج گرديد .
و در تاريخ طبرى به هنگام پرداختن به حوادث سال 200 هجرى آمده است : در اين سال مأمون رجاء ابن ابى ضحاك عموى فضل بن سهل و فرناس خادم را براى آوردن على بن موسى الرضا و محمد بن جعفر ، روانه كرد . محمد بن جعفر ، در مكه عليه مأمون سر به شورش برداشته بود و لقب امير المؤمنين يافته بود ولى جلودى توانسته بود بر او پيروز گردد و به عراقش برد و در آنجا به حسن بن سهل تسليم كند حسن بن سهل نيز او را با رجاء بن ابى ضحاك كه امام رضا ( ع ) را نيز با خود مىبرد ، نزد مأمون فرستاد .
روايت صدوق در « عيون اخبار الرضا » حكايت از آن دارد كه رجاء بن ابى ضحاك مىگفت كه مأمون مرا براى بردن امام رضا به مدينه فرستاده و دستورم داده كه او را نه از طريق قم بلكه از طريق بصره و اهواز و فارس ، نزد وى ببرم .
روايت كلينى نيز تصريح دارد كه او فرمانشان داده بود حضرت را نه از طريق كوهستانى و قم بلكه از طريق بصره و اهواز و فارس ، او را بياورند .
گفته شده كه علت فرا خواندن امام رضا ( ع ) از سوى مأمون به خراسان و پافشارى
سيرة الأئمة الاثني عشر ( ع ) ( زندگانى دوازده امام ع ) ( فارسي ) — صفحة 391
مساهمون: هاشم معروف الحسني
ص٣٩١