شاگردانش به شيراز رفت . برخى از مورخان نوشتهاند كه امامقلى خان حاكم مستقل فارس وحوزهء خليج فارس از أو دعوت نموده است ، زيرا مدرسهاى بزرگ را - كه پدرش ساختن آن را آغاز كرده وبسبب مرگ نتوانسته بود آن را به پايان برساند - أو به پايان رسانده وبراي اداره وتدريس در آنجا از ملا صدرا دعوت نموده است .
ملا صدرا در شيراز دورهء جديدى را در زندگى خويش آغاز كرد ، هم به آموزش فلسفه وتفسير وحديث پرداخت وهم توانست با تمام تجربههايى كه اندوخته بود دست بتأليف تفسيري بسيار بزرگ وپرمايه وبىنظير بزند كه بسبب مرگ أو ناتمام ماند .
همچنين در همين دوره به شرح كتاب أصول كافى ( كه مؤلف آن محدّث بزرگ شيعه يعنى كلينى است ) - يكى از قديميترين ومهمترين منابع حديث شيعهء اماميه دربارهء أصول فلسفي واعتقادي اسلامى - پرداخت كه آنهم ، ناقص مانده است .
برخى كتب ديگر در فلسفه وحكمت متعاليه نيز در همين دوره نهائي عمر أو نوشته شد كه سير انديشه وتحول روحيات أو را در آنها مىتوان يافت .
يكى از رياضتهاى شرعي ملا صدرا سفرهاى دشوار أو به حج ( مكة ) وسرزمين حجاز وزيارة مقابر مقدس أمير المؤمنين وامام سوم - امام حسين عليه السلام - وديگر شهداى كربلاء در كشور عراق بوده است . وى هفت سفر به اينگونه به زيارة حج رفته بود تا آنكه در آخرين سفر بسبب بيمارى در عراق در گذشت ودر همانجا مدفون شد . سال در گذشت أو را سال 1050 ه . ق ( 1640 م ) ضبط كردهاند ؛ ولى از نوشته يكى از نوادگانش بر مىآيد كه سال 1045 بوده است .
شاگردان
با آنكه قرائن نشان مىدهد كه وى همواره صدرنشين كرسي تعليم وتربيت
و