مدتى نگذشت كه وفات يافت . نادر ميرزا در اين موقع به هرات گريخت و سال بعد ، به دنبال قتل آقا محمد خان به مشهد بازگشته و زمام امور را بدست گرفت .
در سال 1802 م . نيروهاى قاجار مشهد را محاصره كردند ، نادر ميرزا علىرغم سعى و تلاش بسيار و همچنين دستبرد زدن به حرم حضرت رضا براى پرداخت دستمزد سپاهيان خود نتوانست پايدارى كند و سپاهيان قاجار به شهر وارد شدند . نادر ميرزا دستگير شد ، و به تهران فرستاده شد و در اين شهر به فرمان فتحعلى شاه به قتل رسيد .
در سال 1813 م . بزرگان خراسان سر به شورش برداشتند ، كسانى كه در بروز اين ناآرامى شركت داشتند عبارت بودند از اسحق خان قرايى ، رضا قلى خان رئيس كردهاى زعفرانلو در قوچان ، نجف قلى خان سركردهء كردهاى شاديلو در بجنورد ، بيگلر خان بزرگ چاپشلوهاى درگز و سعادت قلى خان بغايرلو از جهان ارغيان .
در سال 1814 م . اسماعيل خان سردار دامغانى براى سركوبى اين شورش مأمور گرديد . وى اردوگاه خود را در نزديكى مشهد در خواجه ربيع برپا نمود . در آنجا رؤساى متحد شده ايلها بر او حملهور شدند ، اما او موفق شد كه آنان را به عقب براند . بعد از اين واقعه اسحق خان و پسرش در زد و خوردهاى بعدى به قتل رسيدند .
در سال 1818 م . فتحعلى شاه به مشهد آمده و حياط آستانه را كه به صحن نو معروف است بنا نهاد . در سال 1825 م . خراسان تا نزديكى دروازههاى مشهد از سوى عليقلى خان پسر محمد رحيم خان حاكم خوارزم مورد هجوم واقع شد . بار ديگر در سال 1828 م . اين واقعه تكرار گرديد . در بين اين دو رويداد نيز به نظر مىرسد كه سران قبائل مختلف بر اثر اختلافاتى كه داشتند به زد و خوردهايى مشغول بودهاند .
سرانجام در سال 1828 م . عباس ميرزا « 1 » با سپاه بزرگى از ايرانيان به جانب خراسان روى نهاد ، مشهد را به تصرف درآورده و به سوى رضا قلى خان در قوچان روان گرديد و سپس به زد و خورد با تركمنهاى سالور سرخس مشغول شد . او به سال 1833 م . وفات يافت و در حرم حضرت رضا دفن گرديد .
در اواخر سال 1837 م . محمد شاه « 2 » شخصا هرات را محاصره كرد . در اينجا
هامش
( 1 ) - مقصود عباس ميرزا وليعهد پسر فتحعل شاه قاجار است ، متولد 1202 و در سال 1249 از مرض سل در مشهد درگذشت . يك بار روسها را در اچيازين و بار دوم در قراباغ شكست داد ولى سرانجام مغلوب گرديد و بموجب دو قرارداد ننگين گلستان و تركمانچاى ولايات حاصلخيزى از ايران مجذا گرديد و روسها متصرف شدند و دوران اضمحلال اين مملكت آغاز گرديد . م .
( 2 ) - مقصود محمد شاه قاجار پسر عباس ميرزا و پدر ناصر الدين شاه قاجار است .