خبر فتوحات خسرو ميرزا را در قائنات و پيشرفتهاى وليعهد را در تسخير قلاع متعلق برضا قليخان شنيدند از در اطاعت درآمدند و نايب السلطنه بدون زحمت به ارض اقدس وارد گرديد و خسرو ميرزا هم پس از گرفتن طبس و ترشيز و فرارى كردن محمد خان در مشهد بوليعهد پيوست و فتنهء اين دو مدعى به اين ترتيب دفع گرديد و اگرچه محمد خان فرار كرد امّا رضا قليخان پس از آنكه ديگر در خود تاب مقاومت نميديد از وليعهد طلب عفو كرد و نايب السلطنه هم او را بخشود .
چون هنوز خطر تركمانان باقى و محمد خان نيز در حال فرار بود نايب السلطنه خسرو ميرزا را بآذربايجان فرستاد تا از آنجا سپاه كافى بخراسان آورد و كسى كه در اين تاريخ آذربايجان را بنام وليعهد اداره مىنمود محمد خان زنگنه امير نظام كلانتر و ريشسفيد كل آذربايجان بود . خسرو ميرزا و امير نظام سپاهى تازه تهيه ديده روانهء خراسان كردند . نايب السلطنه هم به يارى ايشان بر شهر سرخس تاخت و پس از قتلعام تراكمه بايشان امان داد و فتنهء ايشان نيز به اين ترتيب دفع گرديد .
آخر كسى كه هنوز در خراسان بمخالفت باقى بود محمد خان قرائى بود كه هر وقت مجال مىيافت بسركشان ديگر يارى ميفرستاد نايب السلطنه محمد ميرزا را بدفع محمد خان فرستاد و محمد ميرزا محمد خان را امان داد و محترمانه پيش پدر فرستاد و او تا آخر به همين وضع در خدمت نايب السلطنه ميزيست .
محاصره هرات در 1249
پس از اتمام كار خراسان فتحعليشاه نايب السلطنه را از مشهد بطهران خواست و احضار او كه در بهار سال 1249 صورت گرفت يكى براى آن بود كه شاه از مراتب خدمت گزاريهاى وليعهد قدردانى نمايد ديگر آنكه او را بحملهء افغانستان و تسخير هرات وادارد و اين قضيهء اخير نتيجهء تحريك روسها بود در دربار طهران چه مقارن همين ايام سپاهيان اين دولت در طرف تركستان و آسياى مركزى بتسخير اراضى و بسط قدرت در اين حدود پرداخته بودند و با تحريك ايران بلشكر كشى بافغانستان نظرشان اين بود كه از يك طرف با تهديد افغانستان و معابر هند كه