آقا محمّد خان به زودى از بند رضا قليخان رهائى يافت و رضا قليخان كه از شوكت برادران مخصوصا از جعفر خان بيم داشت باصفهان و از آنجا بمشهد رفت و كمى بعد وفات يافت .
برادر ديگر آقا محمّد خان مرتضى قليخان كه گاهى از برادر به ظاهر اطاعت ميكرد و زمانى بمخالفت او برميخاست پس از فرار رضا قليخان شهر سارى را بتصرّف خود گرفت و بار ديگر مدّعى برادر شد . آقا محمّد خان او را شكست داد و با سپردن حكومت گرگان و استراباد و هزار جريب به او او را راضى نمود .
هدايت خان بعد از چهار سال زيستن در خارج از گيلان به يارى جمعى از لزگيان برشت آمد و آنجا را گرفت . آقا محمّد خان مصطفى خان قاجار دولّو سردار خود را بتنبيه هدايت خان فرستاد و هدايت خان اين بار در حين فرار در لب دريا بقتل رسيد و گيلان سراسر مطيع قاجاريّه گرديد .
در سال 1198 موقعى كه عليمراد خان زند پسر خود شيخ ويس خان را بمازندران بجنگ با قاجاريّه فرستاده بود مرتضى قليخان بدشمنى با برادر با زنديّه همدست گرديد . چون قاجاريّه فاتح شدند و سپاهيان زند گريختند مرتضى قليخان هم بشروان فرارى گرديد و در آنجا از خوانين باكو و شروان و قراباغ و طالش يارى گرفت و بر گيلان دست يافت .
آقا محمّد خان در سال 1203 بدستيارى جعفر قليخان و سرداران ديگر خود مرتضى قليخان را مغلوب نمود و او بطالش گريخت و كمى بعد برگشت . اين بار مصطفى قليخان برادر او مأمور فتح گيلان شد و او مرتضى قليخان را منهزم و بباكو فرارى كرد و مرتضى قليخان از آنجا بروسيّه رفت و ديگر بايران برنگشت .
جلوس آقا محمّد خان در 1200
پس از دفع برادران مدّعى و غلبهء بر زنديّه و مطيع ساختن شمال و مركز ايران آقا محمّد خان در نوروز سال 1200 يعنى در يازدهم جمادى الاخرى از اين سال در طهران تاجگذارى نمود و چون خود او به آن علّت كه بدست عادلشاه