به علت آغاز مناقشات طوايف قزلباش در پايان عهد شاه تهماسب بقول خود « صلاح در توقف نديد » و تقاضا كرد كه او را « به طرفى از اطراف ممالك محروسه ارسال دارند » . پس شاه تهماسب حكومت بعضى از نواحى شروان را به دو ارزانى داشت و او بدان جانب رفت و هشت ماه بعد كه شاه تهماسب درگذشت ( شب سهشنبه پانزدهم ماه صفر سال 984 ه ) ، و بعد از آن شاه اسمعيل ثانى بپادشاهى نشست ، او را بقزوين احضار كرد و منصب امير الامرائى طوايف كرد را به دو بخشيد ولى چندى بعد بر اثر سعايت حاسدان بر او بدگمان شد و ببهانهء حكومت نخجوان او را از پايتخت دور كرد ، و چون يك سال و چهار ماه در اين مقام جديد بسر برد از طرف سلطان مراد خان ثالث ( 982 - 1003 ه ) منشور ولايت بدليس به دو داده شد و حكومت موروث خانوادگى به او بازگشت و او در روز سوم شوال سال 986 ه از نخجوان با چهارصد نفر از ملازمان خويش كه از ميان آنان دويست تن كرد روجكى بودند از نخجوان عازم قلمرو حكومت خود شد و به وطن اصلى معاودت نمود و از آن پس در جزو امراى دولت عثمانى و مورد احترام سلاطين آل عثمان بود ، و بعد از سلطان مراد ثالث در عهد سلطان محمد خان ثالث ( 1003 - 1012 ه ) نيز از همين مزايا برخوردار بود و در شرح حال خود چنين نوشت : « . . . و امروز كه تاريخ هجرى در سلخ شهر ذى الحجهء سنهء خمس و الفست ( - 1005 ه ) بيمن دولت خاقان عاليشان ابو المظفر سلطان محمد خان حفظه الله تعالى عن الآفات حكومت موروثى در تصرف فقير است ، اگرچه بالطبع ازين امر خطير اجتناب نموده اشغال آن را در عهدهء ولد ارشد و فرزند امجد موفق باخلاق نيك ابو المعالى شمس الدين بيك . . . كرده . . . » .
اثر معروف و مهمّ امير شرفخان بدليسى كتاب شرفنامهء اوست كه باسم سلطان محمد خان ثالث نوشته و در ديباچهء آن بعد از مقدمات گفته است :
« مسود اين اوراق المفتقر الى الله الملك الهادى شرف بن شمس الدين او صله الله الى سعادة الدنيا و الدين در ريعان جوانى و عنفوان زندگانى بعد از تحصيل علوم
تاريخ ادبيات در ايران ( فارسى ) — صفحة 1693
مساهمون: ذبيح الله صفا
ص١٦٩٣