بيمارى شديد از دهلى به آگره منتقل و در خانهء دارا شكوه بسترى شده بود .
( 19 ذى الحجه 1068 )
هر چند كه شجاع الدين از سليمان شكوه شكست خورد ، ولى مراد بخش و اورنگ زيب با يكديگر متحد شدند و به جنگ با دارا شكوه كمر بستند . دارا شكوه اهل دفتر و كتاب و دانش و انديشه بود نه مرد توپ و تفنگ و آشوب و جنگ .
ازين روى در جنگ با برادران شكست خورد و به لاهور گريخت . ولى اورنگ زيب به دنبال وى شتافت . در همين روزها بود كه اورنگ زيب به نيرنگ و دروغ بر مراد بخش دست يافت و او را به يكى از قلاع هندوستان فرستاد . جنگ دوم بين اورنگ زيب و دارا شكوه در اجمير روى داد . اين بار نيز دارا شكوه شكست خورد و بر آن شد كه به ايران پناهنده شود ( جمادى الثانى 1069 ه ) . اما در همين روزهاى بدبختى ، زنش نادره بيگم نيز درگذشت و دارا شكوه كه طبعى حساس داشت ، چنان ازين حادثه دست و پاى خويش را گم كرد كه بدون توجه به وضع خويش جنازهء زنش را بر حسب وصيت او به لاهور فرستاد و فرصت فرار را از دست داد و هنگامى كه خواست به سوى ايران حركت كند ، ملك جيون ناجوانمردانه وى و سليمان شكوه را گرفته تسليم گماشتگان اورنگ زيب كرد . در نيمهء ذى الحجه همان سال ، به فرمان اورنگ زيب ، دارا شكوه و فرزندش سليمان شكوه را در زنجير ، سوار فيل مادهاى ، به دهلى آوردند و در 21 ذى الحجه وى را به فتواى فقها ، به تهمت آن كه « تصوف را بدنام كرد و كار به الحاد و كفر رساند » سر بريدند و جسدش را بر پشت فيل انداخته در برابر چشمان اشكبار مردم در بازارها گرداندند و سپس در زير گنبد مقبرهء همايون شاه به خاك سپردند . يا به قولى در شب پنج شنبه 22 ذى الحجه ( يعنى روز چهارشنبه 21 ) در سياهى شب ، دژخيمان اورنگ زيب به زندگى او پايان دادند و جسد بىسر او را ، با همان لباسى كه بر تن داشت ، زير گنبد مقبرهء همايون شاه ، در كنار شاهزاده مراد و شاهزاده دانيال ، پسران اكبر شاه ، به خاك سپردند . جسدش را به نام اين كه از دين اسلام خارج شده بود غسل نكردند . اما او را در كنار مسلمانان دفن نمودند .
اين شاهزادهء دانشمند كه به تهمت بىدينى ، بدون محاكمه و دفاع از نظريات خود ، به قتل رسيد ، در زمينهء تاريخ اسلام و فلسفه اسلامى آثار ارزندهاى از خود باقى گذاشته است و از آن جمله :
اسناد ومكاتبات سياسى ايران ( از سال 1038 تا 1105 ق ) ( فارسي ) — صفحة 159
مساهمون: عبد الحسين نوائى
ص١٥٩