مرگ استادش شيخ بهاء الدّين و در مراحل اواخر تحصيلات خود ، به خدمت فيلسوف زمان ، ميرداماد ، سيد محمد باقر متوفى به سال 1040 هجرى رسيد و به تكميل معلومات خود مشغول شد . و از بعضى كلمات او ، در شرح اصول كافى ، پيداست كه تا چه اندازه تحت تأثير استاد خود ، ميرداماد قرار گرفته بوده است ، چون فوقالعاده به او احترام مىگذارد و تجليل مىكند و مثلا در شرح اولين حديث در شرح خود بر اصول كافى چنين مىگويد :
سيدى و سندى و استادى و استنادى فى العلوم الدينية و العلوم الالهية و المعارف الحقيقية و الاصول اليقينية . . .
سرور من و تكيهگاه من و استاد من و پشتوانهء من در علوم دينى و علوم الهى و معارف حقيقى و اصول يقينى . . .
و عباراتى از اين قبيل به هر مناسبت دربارهء ميرداماد آورده است .
صدر المتألهين شاگردانى مبرز در رشتههاى فكرى و فلسفى داشت كه پيشوايان نهضت فلسفى در عصر خود بودند . مشهورترين آنها دو داماد دانشمند او : يكى حكيم محدث معروف به ملا محسن فيض كاشانى و ديگرى حكيم عبد الرزاق لاهيجى معروف به فياض صاحب شوارق الالهام بودند .
به بهطورىكه از ظواهر امر پيداست اقبال اين فيلسوف بزرگ هم مثل اقبال بيشتر شخصيتها و نوابغ بوده كه در زواياى تاريك گرفتاريها و محروميتها مىزيستند و مردم در حال حيات ايشان به آنها توجهى نداشتهاند ولى پس از مرگ ستارهء اقبال آنان درخشيدن گرفت و افكار آنان زنده ماند و آثارشان مقام و شخصيت آنها را بروز داد و شأن علمى و ارزش ايشان را آشكار ساخت و چه خوب گفته است ابو القاسم شابى شاعر :
الناس لا ينصفون الحى بينهم * حتى اذا ما توارى عنهم ندموا
حتى العبا قرة الافذاذ حيهم * يلقى الشقاء و تلقى مجدها الرمم
مردم با افراد زنده به انصاف رفتار نمىكنند و چون در زير خاك پنهان شوند مردم نيز پشيمان مىشوند ؛ اين رسم در مورد شخصيتهاى بزرگ هم صادق است ، آنها در زندگانى با بدبختى دست به گريبانند ، ولى استخوانهاى پوسيدهء آنها با احترام و تمجيد روبرو مىشود .
و باز اينطور فهميده مىشود كه صدر المتألهين از طرف مردم زمان خود ، اعم از جاهل و عالم ، جفا و بىاعتنايى ديد و در محروميت و غم و غصه زندگى كرد ، حقش شناخته نشد و احترام او را رعايت نكردند .