عمارت چهارم
اين عمارت پس از بنايى بوده كه عضد الدوله آن را ساخته و سپس چنان كه گفته شد ، دستخوش حريق شده است . پس از اين آتشسوزى ، قبر آن حضرت در سال 760 ه تجديد بنا شد اما از نام مجدد اين بنا خبرى نيست . شايد اقدام به تجديد بناى قبر شريف ، از سوى يك شخص صورت نپذيرفته بلكه از جانب گروهى بوده است و از اينرو نام مجدد آن بر ما پوشيده مانده است . در حالى كه اگر مجدد بنا يك فرد مىبود ، عادتا مىبايست نام او مشخص و معلوم باشد . مخصوصا اگر آن كس ، شخص شناخته شده و معروفى باشد و نيز بايد كسانى كه شاهد تجديد بنا بودهاند ، همچون ابن عتايقى ، از نام او سخنى به ميان آوردند .
در خلال اين مدت اصلاحات و عمارات بسيارى از سوى خاندان بويه و حمدانيان و برخى از عباسيان و فرزندان چنگيز و ايلخانيان و ديگران صورت پذيرفته است .
عمارت پنجم
اين عمارت همان است كه امروزه به چشم مىخورد . در ميان اهل نجف مشهور است كه بناى اين عمارت را به شاه عباس اول نسبت مىدهند و مهندس و مشاور اين بنا را شيخ بهايى مىدانند . وى گنبد سفيد را به گنبد سبز رنگ تغيير مىدهد . اما در رسالهء نزهة اهل الحرمين آمده است : در ابتدا شاه صفى صفوى در سال 1047 ه ، به ساختن عمارت قبر امير المؤمنين اقدام كرد . چنان كه مؤلف كتاب البحر المحيط نيز آن را ذكر كرده است . كارگران به فرمان او مشغول به كار شدند تا آنكه شاه صفى در سال 1052 ه از دنيا رفت و شاه عباس دوم ، پس از مرگ پدر ، كار ساختمان آن بنا را به اتمام رسانيد . و از همين روايت است كه مردم نجف شاه عباس را سازندهء اين عمارت مىدانند . مؤلف نزهة اهل الحرمين سپس از كلام سيد شرف الدين على نجفى در حواشىاش بر كتاب اثنىعشريه صاحب معالم ، بر صحت گفتهء خود دليل مىآورد . سيد شرف الدين در هنگام سخن از محراب مسجد كوفه و ديوار قبليش كه بر عكس ضريح مقدس اندكى به راست گرايش داشتند ، مىگويد : « هنگامى كه قبر آن حضرت را به امر سلطان اعظم ، شاه صفى ، مىساختند ، به معمار بنا گفتم آن را به طرف راست تغيير ده و او همچنين كرد و با اين وجود اندكى به طرف چپ است و با محراب كوفه مخالفت دارد » .
مؤلف كتاب نزهة اهل الحرمين در جاى ديگرى از سخن شيخ محمد بن سليمان بن زوير سليمانى شاهدى نقل كرده است كه : « آنچه در اين باره ، در نظر من صحيح است آن است كه اولين اقدام در خصوص ساختن بناى فعلى قبر امير المؤمنين ( ع ) در سال 1057 ه صورت گرفته و حال آنكه شاه صفى در سال 1057 ه در گذشته است . در ميان مردم نجف مشهور