3 - شرح أصول الكافي : يوجد هذا الشرح الذي يبدو أنه لم يكتمل ، في مكتبة مدرسة الشهيد المطهري في طهران ، حيث تحفظ منه ثلاث نسخ تحت الأرقام التالية : 1697 ، 1698 و 3380 . وفي فهرست المكتبة الرضوية يوجد تعريف لنسخة خطية لهذا الشرح ، جاء فيه : كتب الميرزا رفيعا شرحا عربيا على الكافي أسماه « القوله » . يحتوي على العديد من التحقيقات إلا أنه لم يكمله . حيث تنتهي نسخة المكتبة الرضوية بالحديث الشريف : « إنكم لا تكونون صالحين حتى تعرفوا » المذكور في باب « معرفة الامام والرواية » ويظهر من ذلك أن المؤلف لم يكمل كتابه . بداية الكتاب : « الحمد لله رب العالمين والصلاة على سيد المرسلين وخاتم النبيين محمد وآله الطاهرين قوله المحمود له نعمته المعبود لقدرته لما كان انعامه باعثا لأن يحمد وشكرا لما وقع وحبسا لما يقع وقدرته على ما يشاء . . . » وينتهي الكتاب بالعبارة التالية : « وحيث قال يتقبل الله من المتقين » . توجد في مكتبة كلية الإلهيات والمعارف الإسلامية في مشهد مجموعة تحت رقم 1422 رابع كتاب فيها هو شرح الكافي للسيد الأمير رفيع الدين الطباطبائي . وجاء على ظهر الصفحة الأولى من هذه النسخة بقلم تلميذ الميرزا رفيع الأمير معصوم القزويني ( المتوفى عام 1091 ه‍ ) ما يلي : « . . . وبعد فهذه تعليقات دقيقة وتدقيقات أنيقة متعلقة بإيضاح المقصود وتبيين المرام وإبداء الاحتمالات في الأحاديث المروية عن أهل بيت العصمة ( ع ) في نبذ من أصول الكافي . . . » ثم يتحدث عن شخصية المؤلف الذي كان هو تلميذا له . ويبدأ هذا الشرح أو الحاشية بما يلي : « بسملة قوله المحمود لنعمته المعبود لقدرته . لما كان إنعامه تعالى باعثا لأن يحمد شكرا لما وقع . » تبدأ هذه النسخة من الأول حتى شرح حديث ( عرض ما بين صنعاء إلى أيلة ) من باب ما فرض الله عز وجل ورسوله من الكون مع الأئمة ( ع ) من كتاب الحجة في أصول الكافي ولم يكمل المؤلف هذه النسخة « . مواصفاتها : خط النستعليق . اسم المدون مجهول - 19 سطر . 4 - حاشية الصحيفة السجادية : كتب العديد من علماء الشيعة حواشي وشروحا على هذا الكتاب القيم ، من هؤلاء العلماء السيد نعمة الله الجزائري ، والسيد علي خان الحسيني الشيرازي صاحب كتاب ( سلافة العصر ) وهو من المعاصرين لرفيعا . وكذلك الفقيه المحدث المعاصر للشاه عباس الأول بديع الزمان الهرندي القهبائي . ولم يتسن لي الاطلاع على النسخة الخطية لرسالة الميرزا رفيعا في هذا المجال ، إلا أن أصحاب التراجم نسبوا له هذا الأثر القيم . 5 - شرح حديث حدوث الأسماء : وهي رسالة كتبها باللغة العربية ، تبدأ بالعبارة التالية : « قال ( ع ) الله تعالى خلق أسماء بالحروف غير متصوف . . . ( في أكثر النسخ ) أسماء بلفظ الجميع وفي بعضها أسماء بالأفراد » . وتنتهي ب « ويستوي فيه صحة التعبير عنه بهاء ، هذه من إفادات الميرزا رفيعا والسلام على من اتبع الهدى ولعنة الله على أعدائهم إلى يوم الدين » هذه النسخة محفوظة في مكتبة مجلس الشورى الإسلامي تحت رقم 11 بالمواصفات التالية : خط نسخ بدون اسم المحرر ، 19 سطر كتبت العناوين بالخط الأحمر . 6 - حاشيته على شرح الإرشاد للمحقق الفقيه الملا أحمد بن أحمد بن محمد الأردبيلي ( المقدس الأردبيلي ) . 7 - حاشيته على شرح إرشاد الأذهان للعلامة الحلي . وفي التعليق على هذا الكتاب يذكر الشيخ آقا بزرگ الطهراني في كتاب الذريعة : من كتب الميرزا رفيعا شرح إرشاد الأذهان للعلامة الحلي ، ويطلق عليه اسم الحاشية . 8 - حاشية على مختلف العلامة . 9 - حاشية على مدارك الأحكام ، 10 - حاشية على شرح العين لميرك البخاري ، 11 - حاشية لشرح إشارات الخواجة [ نصر ] نصير الدين الطوسي ، 12 - حاشية لشرح مختصر الأصول للحاجبي ، 13 - رسالة في أقسام التشكيك والحقيقة . 14 - رسالة في شبهة الاستلزام . 15 - أجوبة المسائل بشأن العبادات ، كتبها باللغة الفارسية . 17 - حاشية على قواعد العلامة الحلي ( 1 ) .