مدتى نه بسيار زياد بر اثر برخى ادويه به درد چشم مبتلا شد ، و براى معالجت به پزشك رجوع كرد . او پانصد دينار طلا مزد طلبيد و محمد بن زكريا بناچار داد ، و به خود گفت : اين كار سودمند است نه علمى كه من در فراگرفتنش چندين رنج مىبرم و صدمه مىبينم . آن گاه در محضر ابن ربّن طبرى به تحصيل طب پرداخت و چندان در آموختن اين دانش سودمند رنج كشيد كه طبيبى نامور شد .
دربارهء حذاقت وى در شناختن انواع بيماريها و درمان كردن آنها از طريق به كار بردن دواهاى مختلف و تدابير روانى ، در كتابهاى معتبر داستانهايى درج كردهاند كه يكى از آنها اينست :
منصور بن نوح بن نصر امير سامانى - آغاز پادشاهى روز آدينه نوزدهم شوال 350 قمرى ، مرگ و خاتمه سلطنت يك شنبه شانزدهم محرم سال 365 - دچار بيماريى شد كه برخاستن و راه رفتن نمىتوانست . چون پزشكان دربارش از معالجت كردن او درماندند مرض مزمن گرديد ، و امير را تاب تحمل آن درد نماند . ناچار گروهى را در طلب محمد بن زكريا فرستاد . وى عازم دربار امير شد . اما چون به كنار رود جيحون رسيد از نشستن در كشتى سرباز زد و گفت :
خداوند دانا در قرآن كريم فرموده است :
وَ لا تُلْقُوا بِأَيْدِيكُمْ إِلَى التَّهْلُكَةِ
، و من نه آن كسم كه به اختيار خويش را در بلا افكنم .
فرستادگان امير ناچار به بخارا بازگشتند و محمد زكريا پس از رفتن آنان به تصنيف كتاب منصورى پرداخت ، و چون دگر بار فرستادگان امير در طلبش آمدند ، كتاب را به آنان داد و گفت : امير را بگوييد آنچه من مىدانم در اين كتاب آوردهام و به آمدن من حاجت نيست .
چون فرستادگان بازگشتند امير به آنان فرمود دگر بار پيام مرا به او بگوييد اگر فرمان نبرد و نيامد پاهايش را با طناب به هم ببنديد و در كشتى بنشانيد ، و پس از اين كه به كناره رود رسيديد پاهايش را بگشاييد و بر اسب خاص من سوار كنيد و به حرمت بياوريد .
بارى چون محمد بن زكريا بدين سان وارد بخارا شد امير وى را گرامى داشت و اكرامها كرد . از آن پس طبيب به معالجت منصور آغاز نهاد و اما چندان كه سعى كرد سودمند نيفتاد .
روزى به امير گفت : اين بار به تدبير و معالجتى ديگر خواهم كرد اما در اين كار فلان اسب و فلان استر از دست مىروند .
اين هر دو در دوندگى و پر طاقتى بىهمتا بودند - امير پذيرفت ، محمد بن زكريا آن اسب و استر را زين و برگ بر نهاد زمام آنها را به دست غلامش داد . سپس منصور را به گرمابهاى بيرون از قصرش برد ، و رها نكرد هيچيك از غلامان به گرمابه نزديك شوند . آن گاه شربتى كه ساخته بود به دو خورانيد و چون مدّتى سپرى شد خود از گرمابه بيرون شد ، جامه بر تن راست كرد ، نزد امير بازگشت چند ناسزا و دشنام زشت به او داد و گفت : تو آن نامردى كه گفتى پاهاى مرا با طناب به هم بندند و در كشتى اندازند ، اگر به مكافات آن را نكشم نه پسر