با آغاز به كار مجلس شوراى ملّى و در جريان تدوين نظام نامه ، اندك اندك اختلافات سر باز كرد و معلوم شد عدّهاى از نمايندگان درصدد مشروط كردن اسلام نيز هستند . مشى آخوند خراسانى در ابتداى آشكار شدن اختلافات ، دعوت طرفين به آرامش و حفظ وحدت بود . آخوند و ديگر مراجع مشروطهخواه نجف ، استقرار مشروطه و محدود كردن استبداد قاجار را اولويت اصلى مبارزه در آن مرحله مىدانستند . اين در حالى بود كه مرحوم حاج شيخ فضل اللَّه نورى و تعداد بسيارى از علماى تهران و شهرستانها ، رفته رفته نسبت به رفتار مشروطهخواهان و نيز مطالب روزنامههاى منتشره در آن دوره ، حسّاس شده و احساس خطر مىكردند .
اختلافات ، باتوجّه به مبنايى بودن آن شدّت گرفت . مرحوم حاج شيخ فضل اللَّه نورى در راستاى حمايت از مشروطه و همراهى با ديگر علماى مشروطهخواه ، اصل دوم متمّم قانون اساسى دائر بر نظارت پنج تن از علماى طراز اوّل بر مصوّبات مجلس را پيشنهاد و مشروطهخواهان با انجام تغييراتى در پيشنهاد اوّليه شيخ ، هوشمندانه آن را تصويب كردند . به اعتراف اغلب منابع ، اين كار فقط در راستاى خلع سلاح شيخ و گرفتن بهانه از دست او پذيرفته شد و مشروطهخواهان هيچ گاه بنا نداشتند به آن اصل عمل كنند . كما اين كه در طول عمر مجلس شوراى ملّى ، به اين اصل عمل نشد .
تصويب اين اصل عملًا به ضرر شيخ تمام شد و اعتراضات بعدى او بهانهجويى قلمداد گرديد . آخوند خراسانى نيز با اطمينان خاطر تأكيد مىكرد ، با وجود چنين اصلى در قانون اساسى جاى هيچ نگرانى وجود ندارد . تشديد اختلاف شيخ با مشروطهخواهان ، با توجّه به تبليغات منفى و غيرواقعى آنها عليه شيخ و انعكاس وارونهء مواضع شيخ در نزد مراجع نجف ، رفته رفته به ايجاد جدايى بين شيخ و آخوند خراسانى منجر شد . تمام تلاش شيخ نيز براى آگاه ساختن مراجع مشروطهخواه نجف از وضعيت ايران ، ناكام ماند و فرياد او دائر بر اين كه « من همان مشروطهاى را مىخواهم كه آخوند خراسانى مىخواهد » به جايى نرسيد .
شناختنامه آخوند خراسانى ( فارسى ) — صفحة 325
مساهمون: مهدى مهريزى وهادى ربانى
ص٣٢٥