عام 1934 انتدب للتدريس في الجامعة المصرية - وهي اليوم جامعة القاهرة - في فرع فقه اللغة العربية واللغة السريانية بقسم اللغة العربية بكلية الآداب ، وقد استمرّ أستاذاً في القاهرة حتى عام 1939 م .
وباندلاع الحرب العالمية الثانية انتقل من مصر إلى لندن ، حيث عمل في الإذاعة البريطانية
BBC
لصالح بريطانيا وحلفائها ضدّ وطنه ، حيث كان شاخت معارضاً ساخطاً على النازية ، ولم يعد إلى ألمانيا إلا عام 1945 بعد انتهاء الحرب ، ورغم خدماته لبريطانيا وحصوله على شهادة دكتوراه فيها من جامعة أكسفورد ، لكنه لم يعيَّن مدرساً هناك ، فعاد وترك بريطانيا عام 1954 ، ليعيّن أستاذاً في جامعة ليدن في هولندا . وهناك في ليدن ، اشترك شاخت في الإشراف على الطبعة الثانية من ( دائرة المعارف الإسلامية ) . وفي عام 1959 انتقل إلى نيويورك ليعيّن أستاذاً في جامعة كولومبيا .
انتخب شاخت عضواً في العديد من المجامع العلمية ، ومنها المجمع العلمي العربي في دمشق . وتولّى مع برونشفيج مجلّة ( الدراسات الإسلامية ) ، وأخذ شهرته في دراساته حول التشريع الإسلامي ( الفقه والأصول ) ونشأته وتطوّره ومدارسه .
توفي شاخت في شهر آب / أغسطس من عام 1969 م .
مطالعة عابرة للأعمال العلمية لجوزيف شاخت
اشتغل شاخت على عدّة محاور أبرزها :
1 - دراسة المخطوطات العربية ، حيث اهتمّ ببعضها ممّا كان موجوداً في إسطنبول والقاهرة وتونس وفاس .