به اندازهء سر سوزنى از مرام و ممشاى خود تنازل نكرد ، و از آنجا كه قدرت علمى برتر او ، حتّى بر اساتيد او ، و منطق قاطع و قويم او مجال هيچگونه جسارت و جرأت را به جهّال و دينفروشان متظاهر بزىّ اهل علم و ديانت در برابر او نمىداد ، پنهانى به نشر اكاذيب و تهمتها بر عليه او مىپرداختند ، و او را به تصوّف منكَر متهّم مىنمودند .
ايشان مىفرمودند : شبى يكى از اساتيدشان - مرحوم آية الله خوئى رحمة الله عليه - به ايشان مىگويد :
آقا سيّد محمّد حسين حيف است از مثل شمائى با اين استعداد و نبوغ علمى ، وقت خود را به امور سلوكى و رعايت برنامههاى مخصوص اين راه بگذراند ، اين مطالب خود به خود براى انسان حاصل مىشود ، ارزش اوقات طلبه بالاتر است از پرداختن به اين امور ! !
جواب علّامه طهرانى به آقاى خوئى در لزوم سير و سلوك
ايشان در پاسخ مىفرمايند :
شما كه مىدانيد من قويترين شاگرد بحثهاى شما هستم ، و حتّى حاضرم در هر مسألهاى با خود شما و به انتخاب شما به مباحثه بپردازم ، تا معلوم شود كدام يك از ما از نقطه نظر فنّى و استدلالى و قدرت علمى بر ديگرى ترجيح داريم ! مگر من عمرم را به بطالت مىگذرانم ، مانند اين افرادى كه هيچ هنرى جز اتلاف اوقات عمر و شبنشينىهاى هوسرانه و پرداختن به غيبتها و تهمتها و دخالت در امور شخصى صالحان ندارند !
اگر اين مسائل معنوى و درجات عوالم ربوبى خود به خود حاصل مىشد ، تا به حال ما از شما و امثال شما ديده بوديم ؛ كجا اين مسائل خود به خود براى انسان پيدا مىشود ؟ !