هيئت سياحى در صدر مجلس نشسته ديد ، به او اعتنا نكرد و پس از صحبتهاى دقيق مشكلى در تفسير ، بورينى جلو او بر سرپا ايستاده و گفت : شناختم بهاء الدّين حارثى هستى زيرا كسى غير از او لايق اين بيانات نيست . ديگرى مىنويسد كه در حلب وارد شد و براى مخفى ساختن خود تغيير صورت داده در شكل مرد درويشى بود ، و مذاكرات علميه او را با شيخ عمر ، بزرگ علما حلب نوشته ، كه در آخر شيخ بهاء الدّين گفته است من سنّى هستم و صحابه را دوست دارم و لكن چاره ندارم از اظهار تشيّع ، زيرا سلطان ما شيعه است و عالم سنّى را هلاك مىسازد ، غير از اينها در طرايق نقل كرد .
صاحب روضات نيز از شيخ حكايت كرده كه در شام بودم خود را شافعى مىنماياندم . از خلاصه جملههاى مفرده سابق مكشوف مىگردد اولا شيخ متصوّف و وارسته سالها گذرانده ، و ديگر آنكه در همه جا اظهار محبت و غلو نسبت به اهل بيت عليهم السلام داشته ، و با اين حال گاهى گفته است كه من شيعه هستم و بهطور تقيّه اظهار تسنّن مىكنم ، و گاهى گفته است سنّى هستم و از روى تقيّه و خوف پادشاه عجم اظهار تشيّع مىنمايم . و از طرفى اجازه روايت اخبار شيعه را بعضى نسبت مىدهند كه فقط از پدر خود داشته ، در صورتى كه صاحب روضات استاد اجازه غير اماميّه او را به لفظ جماعة مىنويسد .
از روى انصاف اگر دقت در حالت وارستگى اين شخص بشود ، معلوم مىگردد كه واقعا مبرّا از آلايش به تعصّب رفض و غلو مىبوده است .
سيّد نعمت اللّه جزايرى به مناسبت اين حكايت كه ، سيّد مرتضى هروقت از قبر ابى اسحاق صابى عبور مىكرده است بااينكه ملحد بوده است ، جهت تعظيم مراتب علم او پياده مىشده است و رد مىشده است ، مىگويد شيخ بهايى هم بسيار صوفيه را در مؤلفاتش تعظيم مىكند ، چنانچه نسبت به حلاج مىگويد :
روا باشد انا الحق از درختى * چرا نبود روا از نيكبختى ؟