زمان [ شاه ] صفى دو سال وزارت كرد و به سبب كدورتى كه [ شاه ] صفى از او حاصل نمود او را به قم تبعيد نمود و چشم اولادش را ميل كشيد ، بازپس از مدّتى به اصفهان احضار شد تا در زمان [ شاه ] عبّاس ثانى باز هشت سال متجاوز ، داراى منصب وزارت و لقب اعتماد الدوله گرديد . گاهى شعر هم مىگفته از اوست :
حسن تو فزون است به گردت گردم * يا درد تو كش به خون دل پروردم
بىدردى باشد ار بگويم حسنت * بىانصافى است گر بگويم دردم
خليفه سلطان تعليقاتى بر كتب فقيهه و اصوليه نوشته است ، مانند شرح لمعه و معالم كه به امضاى سلطان شناخته مىشود .
افعال او باعث طعن او شده ، چه بعضى از اهل خبر اجتناب نكردن او را از كارهاى شيطان نسبت به او دادهاند . در سنهء هزار و شصت و چهار وفات كرد ، موقوفاتى مختلف گذاشت جهت اولادش ، اخلاف او گرچه هنوز بسيار هستند ولى از فضائل و مكنت عارى هستند .
غياث الدّين خليلى
اهل اصفهان بوده و داراى هنرهاى گوناگون ، شاهطهماسب مراتب كمالات او را دريافت ، نوازشاتى از او نمود ، او را در كتابخانه خود جاى داد ، به نگاشتن قرآن مشغول گرديد ، قرآنى در نهايت زيبايى با تذهيبكارى از جانب شاهطهماسب براى سلطان مراد خان سوّم - سلطان عثمانى - نگاشت ، تاريخش نهصد و هشتاد و سه بوده ، حاليّه بر سر قبر ابو ايّوب انصارى در اسلامبول مىباشد . و قرآن ديگرى به خط او بر سر مقبره مراد پاشا صدر اعظم عثمانى است .