امام عليه السّلام بشهادت رسيد و در منزل خود در سامرا دفن شد بيست سال و چند ماه در سامرا بود .
مروج الذهب مسعودى مينويسد : وفات ابو الحسن علي بن محمّد عليه السّلام در زمان خلافت معتز باللَّه بود روز دوشنبه چهار روز به آخر جمادى الآخر سال 254 در چهل سالگي بعضى چهل و دو سالگى گفتهاند از اين نيز كمتر هم گفته شده ، در پى جنازه آن جناب زنى سودانى ناله ميكرد و چنين ميگفت : چقدر ما از دوشنبه بلا ديديم . نماز بر جنازه آن جناب احمد بن متوكل خواند در خيابان ابى احمد و در همان جا در منزل خود دفن شد .
ابن ابى الازهر از قاسم بن ابى عباد و او از يحيى بن هرثمه نقل كرد كه گفت :
مرا متوكل مأمور آوردن حضرت علي بن محمّد بن علي بن موسى عليهم السّلام كرد . زيرا از او پيش متوكل بدگوئى كرده بودند . وقتي پيش آن جناب رفتم مردم چنان بگريه و زارى پرداختند كه تا كنون نديده بودم من آنها را تسكين ميدادم و قسم ياد ميكردم كه مرا دستور ندادهاند كه نسبت بايشان گزند و ناراحتى بوجود آورم منزل آن جناب را جستجو كردم جز صحيفه دعا و كتاب و چيزهائى از اين قبيل نيافتم آن جناب را به سامرا آوردم و خود متصدى خدمت ايشان شدم و بسيار مقامش را گرامى داشتم .
يك روز كه هوا صاف بود و خورشيد ميدرخشيد ديدم آن جناب سوار بر اسب است و بارانى بتن دارد و دم اسب خود را گره زده از اين كارش تعجب كردم طولى نكشيد كه ابر پيدا شد و بارانى بشدت هر چه تمامتر باريد و سخت از شدت باران ناراحت شديم . در اين موقع امام روى به من نموده فرمود : من فهميدم از ديدن بارانى من در شگفت شدى و خيال كردى من چيزى را ميدانم كه تو نميدانى ولى آن طور كه خيال كردى نيست چون من در بيابان زندگى كردهام بادهائى كه باران زا هستند مىشناسم به همين جهت آماده باران شدم .
وقتى وارد بغداد شدم پيش اسحاق بن ابراهيم طاهرى كه فرمانرواى بغداد
بحار الأنوار ( زندگانى حضرت جواد و عسكريين ع ) ( فارسي ) — صفحة 184
مساهمون: العلامة المجلسي
ص١٨٤