وى را مجبور به كنارهگيرى از زندگى سياسى نمود ، امّا در 1313 وزير حكمران آذربايجان ( وليعهد ) گرديد و پيشرفت ساكنان اين ايالت ، كه به يمن آن اكنون آنها به عنوان روشنفكرترين و جامعهگراترين افراد ايران شهرت دارند ، عمدتا مديون نفوذ خيرخواهانه وى بود . در 1314 ( 1896 ) وى توسط مظفر الدين شاه ، كه به تازگى به تخت سلطنت جلوس كرده بود ، به تهران احضار شد و در سال بعد نخستوزير گرديد و خاصه مسئوليت ارتقاء آموزش عمومى ، براساس طرحى كه وى در زمان سلطنت ناصر الدين شاه ريخته بود ، بر عهدهء وى گذاشته شد . در اينزمان بود كه انجمن معارف ، يا آكادمى ، تأسيس گرديد و نيز كالج رشديه كه وى شخصا 12 هزار تومان از جيب خود به هزينههاى آن كمك مىكرد . وى همچنين به مطبوعات آزادى بيشترى اعطاء نمود و - بدبختانه - سازماندهندگان بلژيكى را به ادارهء گمركات وارد ساخت . همچنين به كمك ناصر الملك تصميم به اصلاح در زمينه سوءاستفادههاى گوناگون مالى گرفت . معهذا ، اين اصلاحات درباريان را ، كه منافع خود را در خطر مىديدند ، هشيار ساخت و به رهبرى ميرزا محسن خان مشير الدوله موفق شدند كه سوءظن شاه را برانگيزند و خاصه از پيشنهاد امين الدوله جهت ثابت نمودن حقوق و مستمرى شاه و سازش وى با تركيه ، از طريق به رسميت شناختن سلطان تركيه به عنوان خليفه و امير مؤمنين ، در جهت اين هدف خود استفاده كردند . در نتيجه امين الدوله بر كنار و در مكانى به نام « لشتنشاء » واقع در 15 مايلى رشت ، اقامت گزيد و در آنجا به كار كشت و زرع و تصنيف چندين رسالهء سياسى مشغول شد تا آنكه در 1322 ( 1904 ) وفات يافت . وى يك پسر ، امين الدوله فعلى ، و دو دختر از خود به جاى گذاشت . دو هدف عمدهء وى عبارت بودند از تنظيم امور مالى كشور و برقرارى يك بودجهء منظم ؛ و پايان دادن به رشوهخوارى ، فساد ، و اختلاس در اموال دولت .
تاريخ سلطنت مظفر الدين شاه عمدتا تاريخ مبارزه بين وى و امين السلطان و طرفداران آنها بود .
يادداشت شمارهء 11 ( در مورد قوام الدوله )
ميرزا محمد حدس مرا ، در سطر 18 ، تأئيد مىكند :
وى مىنويسد : « بله ، آن قوام السلطنه بود . هنگامى كه وى را دستگير كردند ، من شخصا در آن موقع در شميران بودم و آنها را ديدم كه وى را در زنجير در حالى كه سوار بر يك قاطر بود بسوى تهران مىبردند ، كه در اين شهر ، قبل از آنكه وى را به زندان بيندازند ، گردانده شد . پس از مدتى آزاد