جديد به توصيهء وزيرش ، محمد رفيق خان ، مهياى دستگيرى و حبس سه برادر خود - محمد اعظم ، محمد اسلم و محمد امين - شد . اين برادران گريخته هريك به ايالت مقر حكومت خود رفتند . در پى اين رخداد ، جنگ داخلى آغاز گرديد و در نهايت محمد اعظم خان و برادرزادهاش عبد الرحمان - امير اسبق - پايتخت را اشغال و محمد افضل ، پدر عبد الرحمان ، از زندان غزنه رهانيده و او را به امارت برداشتند . معهذا ، محمد افضل يكسال بعد درگذشت و محمد اعظم جانشين وى گرديده سيد جمال را به نخستوزيرى
( Prime Minister )
خود برگزيد . تحت رهبرى سياستهاى مدبرانهء سيد ، وى مىتوانست تمامى كشور را به انقياد خود درآورد ، امّا حسادت به خويشان و عدم علاقهاش به استفاده از آنان در حكومت ، به استثناى جوانترين و بىتجربهترين فرزندانش ، او را از اين مهم بازداشت .
در اين بين امير شير على ، رقيب وى ، به اشغال قندهار ادامه داد كه در آنجا مورد حملهء يكى از برادرزادگانش ، از پسران محمد اعظم ، قرار گرفت . اين پسر بر آن بود كه با اقدامى دليرانه لطف خاص پدر را به خود معطوف دارد . امّا ، در عوض ، بىاحتياطى كرده به همراه دويست از همراهانش از ساير سپاهيان به دور افتاد و توسط يعقوب خان ، يكى از سران سپاه شير على ، اسير گرديد . اين امر شير على را تشجيع كرد كه جنگ را بهشدت از سر گرفته و تحت حمايت انگليس ، كه آزادانه وى را به لحاظ مالى تأمين مىنمود ، سرانجام بر برادرش محمد اعظم و برادرزادهاش عبد الرحمان فائق آمد .
محمد اعظم به نيشابور ، در ايران ، گريخت و چند ماه بعد در آن سامان درگذشت . عبد الرحمان نيز به بخارا رفت .
به هرروى ، سيد جمال الدين در كابل باقى ماند و به يمن سيادت و نفوذ شخصى بين مردم ، از انتقام شير على در امان بود . امّا ، پس از چندى صلاح در ترك آنديار ديده به قصد سفر مجدد به مكه تقاضاى رخصت نمود . شير على اين رخصت را به شرط تخدير وى در گذر از ايران اعطاء كرد . چراكه از آن بيم داشت كه سيد به مولاى سابقش ، محمد اعظم ، بپيوندد . بدين قرار ، وى در 1285 ه . - 1869 م .
- از طريق هند عازم مكه گرديد و در آنجا مورد استقبال حكومت هند قرار گرفت . ولى ، از ملاقات وى با رهبران مسلمانان ، جز تحت نظارت حكومت ، ممانعت كرده و يك ماه بعد او را با يك كشتى به سوئز فرستادند . سيد از آنجا براى نخستينبار به قاهره رفته چهار روز در آن شهر رحل اقامت افكند و در اين مدت به كرات به جامع بزرگ الازهر رفته با بسيارى از اساتيد و طلاب گفتگو كرده و براى معدودى از آنان در اتاق استيجارى خود به ايراد خطابه پرداخت .
سيد به عوض مكه عزم سفر قسطنطنيه كرده و با استقبال على پاشا ، وزير اعظم ، و ساير افراد برجسته