يزيد در سال 64 بود ، ابتدا عبيداللَّه بن زبير و سپس جعفر بن زبير و آنگاه عبيدة بن زبير و سرانجام مُصْعب بن زبير حكومت اين شهر را عهدهدار بودند . به جز اينها ، كسان ديگرى نيز مدتهاى كوتاهى از طرف عبداللَّه بن زبير براين شهر حكومت كردند . آخرين آنها طلحة بن عبداللَّه بن عوف بود كه تا سال 72 ، كه در آن سال حجاز به تصرف بنىاميه درآمد ، بر اين شهر حكومت كرد .
در دورهء مروانيان ، ابتدا شخصى با نام طارق بن عمرو از موالى عثمان و سپس حَجّاج بر مدينه و مكه حكومت كرد . با رفتن وى به عراق ، مدينه در اختيار افرادى از خاندان اموى از جمله ابان بن عثمان بن عفان ، هشام بن اسماعيل بن وليد بن مغيره و عمر ابن عبدالعزيز در آمد كه اين آخرى از سال 87 تا 93 بر اين شهر حكومت كرد . در همين دوره بود كه مسجدالنّبى صلى الله عليه و آله و بسيارى از مساجد كوچك ديگر اين شهر به دستور وليد بازسازى شد .
شهر مدينه تا سال 130 در اختيار امويان بود . در اين سال كه خوارج قدرت يافتند ، شهر مدينه در اختيار چند تن از خوارج مانند ابوحمزهء خارجى اباضى و مفضل اباضى خارجى قرار گرفت . امويان در سال 131 بر مدينه چيره شدند ، اما سلسلهء آنان در سال 132 هجرى ساقط شد .
مدينه در دورهء عباسيان
عباسيان در شهر كوفه قدرت را به دست گرفتند و در دورهء منصور ، بغداد را ساختند و خلافت را به آنجا انتقال دادند . نخستين امير آنان در مدينه ، از خاندان عباسى يحيىبن جعفربن تمامبن عباس بود كه از سوى سفّاح منصوب شد . پس از وى ، داود بن على بن عبداللَّه و سپس موسى بن داودبن على به همين ترتيب اين شهر مهم ، همانند ساير شهرهاى بزرگ در اختيار عباس زادگان بود ، گرچه به ندرت افراد غير عباسى ، براى مدتى كوتاه به امارت اين شهر مىرسيدند .