المثل ، بيد ان المخطوطات القديمة النادرة في مكتبة الشيخ جعفر كانت أكثر من المخطوطات النادرة في مكتبة بحر العلوم بسبب الاسفار التي قام بها الشيخ جعفر ودأبه في البحث عن الكتب في جميع مظانها في تلك الاسفار واقتنائه لها .
وكان تأسيس هذه المكتبة في أواخر القرن الثاني عشر الهجري ، وحين توفي مؤسسها انحصرت هذه المكتبة بابنه الكبير ثم بأخيه الشيخ علي في قصة سنأتي بخلاصتها في تاريخ مكتبة الشيخ علي آل الشيخ محمد رضا الشيخ هادي الشيخ عباس كاشف الغطاء .
مكتبة آل محي الدين
هي مكتبة الشيخ محمد بن الشيخ يوسف محي الدين أحد علماء هذه الأسرة ؛ وكانت عنده كتب عدت بالألوف . وقد أشار إليها الشيخ علي كاشف الغطاء وعدها من المكتبات المهمة بما كانت تحتوي عليه من نفائس الكتب . وحينما مات بيعت هذه الكتب وقد رأيت انا البعض منها في مكتبة الشيخ قاسم محي الدين وقد كتب عليها الشيخ قاسم انه اشتراها من بعض من وجدها عنده لان عليها حواشي بخط الشيخ محمد الشيخ يوسف ، وكان تأسيس هذه المكتبة في أواخر القرن الثاني عشر الهجري .
مكتبة الشيخ محمد باقر الأصفهاني
قال الشيخ جعفر محبوبة نقلا عن ( نهج الصواب ) : جمع هذا الشيخ كتبا نفيسة في سائر الفنون وكان يشتريها بأغلى القيم ، واستنسخ جملة كثيرة