وعلى الأخص في الفقه ، والحديث ، والرجال ، ومن الحواشي التي وجدت ، والإجازات التي كتبت على صفحات بعض الكتب القديمة يستدل على نفاسة تلك المخطوطات ، وقد تأسست هذه المكتبة في أواخر القرن الحادي عشر الهجري وتعتبر من اقدم المكتبات الخاصة التي وصلتنا اخبارها ، وبعد وفاة الشيخ احمد انتقلت هذه المكتبة وراثة إلى أولاده ثم توزعت ، وكان لدى الزعيم الروحاني الشيخ عبد الكريم الجزائري ولدى أخيه الشيخ محمد جواد الجزائري عدد من هذه الكتب الموروثة .
مكتبة السيد عبد العزيز
هو جد أسرة آل الصافي المعروفة في النجف وقد كانت له مكتبة زاخرة بأنفس المخطوطات المجلدة والمذهبة ، تعد بالألوف ، وأشار إليها الشيخ جعفر في ماضي النجف وحاضرها ، وجاء في ( نهج الصواب ) ان السيد عبد العزيز قد وقفها على أولاده وانها قد تفرقت بعد ذلك وتلفت ، واتت على أغلبها الأرضة حتى ألقيت جملة منها في البحر ، وفي الآبار ، وقد رأينا نحن بعض هذه الكتب وعليها إشارة الوقف في بيت السيد محمد رضا الصافي أحد أحفاد السيد عبد العزيز ، اما تأسيس هذه المكتبة فقد كان في منتصف القرن الثاني عشر .
مكتبة آل بحر العلوم
وهذه المكتبة من اقدم مكتبات النجف الخاصة التي وصلت الينا اخبارها أيضا فقد اقتناها الزعيم الروحاني الكبير السيد محمد مهدي بحر العلوم جد الأسرة العلمية الكبيرة المعروفة باسمه في النجف ، وان انفراده بالزعامة