به سمرقند رسيد ميرزا الغ بيك گوركان اظهار اندوه و اضطراب فرموده جهت اقامت مراسم تعزيت به دار السلطنه هرات شتافت و سعادت دستبوس پدر بزرگوار دريافته جراحت آن مصيبت تازه گشته و نوبت ديگر ناله و نفير امير و وزير و صغير و كبير از اوج فلك اثير درگذشت و آخر الامر چنانچه عادت جهانيان است همگنان تسكين يافته بساط تعزيت را درنوشتند و حكام ولايات به مقر عز خود شتافته بعيش و عشرت مشغول گشتند .
مصراع
آئين جهان هميشه بودست چنين
مدت حيات ميرزا بايسنقر سى و هفت سال و چهار ماه بود و يكى از فضلاى وقت اين رباعى در تاريخ وفاتش نظم نمود .
نظم
سلطان سعيد بايسنقر سحرم * گفتا كه بگو به اهل عالم خبرم
من رفتم و تاريخ وفاتم اين است * « بادا به جهان عمر دراز پدرم »
از ميرزا بايسنقر سه پسر يادگار ماند به اين ترتيب به ميرزا ركن الدين علاء الدوله ميرزا سلطان محمد ميرزا ابو القاسم بابر و حضرت خاقان سعيد بعد از فوت فرزند رشيد مناصب او را به ميرزا علاء الدوله تفويص نمود و جهت ميرزا سلطان محمد و ميرزا بابر مواجب و مرسوم تعيين فرمود » .
قاضى ( مير احمد بن شرف الدين حسين منشى قمى ) در گلستان هنر ( ص 29 ) ، نوشته است :
« نواب ميرزا بايسنقر ولد ميرزا شاهرخ او نيز به غايت خوش نوشته استاد عصر بوده و تعليم خط از مولانا شمس گرفته و مولانا شمس در خدمت ميرزا بوده و بايسنقرى بدان مناسبت در اسم مىنوشته كتابههاى پيش طاق عمارت مسجد جامع مشهد مقدس كه والدهء ماجدهء او گوهرشاد بيگم ساخته به خط اوست و اسم خود نوشته كه كتبه بايسنقر بن شاهرخ بن امير تيمور گوركان و كتابهء بعضى عمارات سبزوار نيز به خط اوست » .