خواجه عطاء اللّه گشت و قلم عاطفت خاقان وافر رأفت لقبش را در فرامين مطاعه عمدة الصلحا نوشت و بعد از فوت آن حضرت ، آن خواجهء صاحب سعادت از اولاد امجاد پادشاه ولى نعمت و محمد خان شيبانى اصلا منصب قبول نكرد و ايضا در ايام استعلاى لواى ظفر انتماى شاهى در بلاد خراسان روى به تكفل مهمى نياورد ، اما در اين ازمنهء مختلفه و انقلابات متنوعه ، امرا و وزرا دار السلطنهء هرات هرگز هيچ مهمى را بىوقوف و استصواب آن جناب فيصل نمىدادند و در توجيهات و تحصيلات و قرار مهمات مزارعان و محترفات رأى صوابنمايش را عمده دانسته ابواب مشاورت مىگشادند و در اوايل سنهء سبع و عشرين و تسعمايه كه حكومت بلاد خراسان به حكم نوّاب آستان ملايك آشيان پادشاه عالميان تعلق به امير خان موصلو مىداشت ، خواجه عطاء اللّه به مرض موت مبتلا گشت و چون آن عارضه قوت گرفت و خواجه دانست كه كار از مداوا درگذشت خاطر بر حلول واقعهء ناگزير نهاده بر آنكه وفور طمع امير خان و اركان دولتش را معلوم داشت تمامى جهات و متملكات خود را مفصل كرد و مقرر ساخت كه از آن جمله چه مبلغ و مقدار پيشكش امير خان نمايند و هريك از امرا و نوابش را چه چيز دهند و فرمود تا به طريقهء سنت اسباب تجهيز و تكفين او را مرتب نموده به نظر آورند و كفن را بريده دوختند . آنگاه نويسندهاى پيش خود نشانده فرمود تا مفصل كرد كه از روز اول وفاتش تا روز هفتم هر روز هرچند گوسفند و چند من نان و حلوا و ساير ما يحتاج تعزيت را ترتيب كنند و قرار داد كه هريك از غسال و حفاظ و مؤذّن و معرّف را چه چيز دهند . بعد از آن ، آنچه از اسباب و املاك و جهاتش باقى ماند در ميان ورثه و اقرباى خود تقسيم فرمود و چون از امثال اين امور فارغ گشت جمعى از درويشان را پيش خود طلبيده ذكر مىگفت ، تا در روز يكشنبه دوم ربيع الاول سنهء مذكوره وفات يافت و تمامى سادات و قضات و علما و اشراف و اعيان ، بلكه خواص و عوام طوايف انسان ، جنازهء آن جناب را مشايعه كرد ، در پيشگاه مدرسهء شريفهء خاقان منصور بر نعش آن خواجهء مغفور نماز گزاردند و جسدش را در مزار شيخ صوفى على در موضعى كه خود تعيين نموده بود دفن كردند ، و اين قطعه كه نوشته مىشود از تاريخ فوت خواجه عطاء اللّه خبر مىدهد :
خواجهء سالكان عطاء اللّه * كه دلش داشت ميل سوى جنان