بعد از چندى آقا خان ببهانهء حركت به مكه از محلّات بيزد آمد و در آنجا مريدان دور او را گرفتند و آقا خان بار ديگر راه طغيان پيش گرفت . اين دفعه بهاء الدوله بهمن ميرزا از پسران فضلدوست فتحعليشاه كه حكومت يزد را داشت بجنگ با او اقدام نمود و آقا خان بپناه بردن بكرمان مجبور گرديد و چون در آنجا نيز مغلوب شد در سال 1257 از راه قندهار بهند رفت و تحت حمايت دولت انگليس قرار گرفت .
خاندان او هنوز به همين حال در هند رياست اسماعيليان آن سرزمين و ايران را دارند .
اختلافات ايران و عثمانى
در سال 1258 محمود پاشا والى ولايت سليمانيه پس از معزول شدن بدولت ايران پناهنده گرديد . محمد شاه او را با وساطتنامهء ببابعالى فرستاد و از اولياى دولت عثمانى خواست كه او را بشغل اول برگردانند چون بابعالى در قبول خواهش پادشاه ايران مسامحه نمود محمد شاه بوالى كردستان امر داد كه به يارى محمود پادشاه به خاك عثمانى حمله ببرد والى اردلان از عهدهء انجام مأموريت برنيامد و شكست خورد و محمد شاه براى جنگ با عثمانى امر بجمع سپاه در همدان داد .
غير از اين قضيه ما بين ايران و عثمانى دائما بر سر مسائل سرحدى و تعرضات ايلات دو طرف به خاك يكديگر و بدرفتارى تركان عثمانى نسبت به زوار و تجار ايرانى در خاك عراق اختلاف بروز ميكرد از آن جمله در موقع سرگرمى محمد شاه بمحاصرهء هرات يعنى در سال 1253 والى بغداد كه از ترقى تجارت محمره در مقابل بصره در رشك بود سپاه به آنجا فرستاد و قسمت مهمى از آنجا را ويران نمود و ببازرگانان آنجا صدمهء بسيار زد .
براى رفع اين اختلافات و تشخيص خط سرحدى بالاخره بوساطت سفراى دولت انگليس و روس در طهران و استانبول قرار شد كه از نمايندگان چهار دولت انجمنى تشكيل يابد . اين انجمن تشكيل يافت ولى بقدرى حلّ مشكلات بين دو دولت سخت بود و مذاكرات طول كشيد كه تحصيل نتيجهء ثابتى از آن ميسر نگرديد .
در سال 1258 والى جديد بغداد به اين بهانه كه كربلا و مشاهد مقدسهء شيعه